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RのバージョンにセンシティブなhyperGTestのエラー

Last updated at Posted at 2018-07-18

RのバージョンにセンシティブなhyperGTestのエラー


GOstatsの超幾何分布検定関数hyperGTestが、結果の抽出時にエラーを吐く。タイトル通り、Rのバージョンを3.5 以上にアップグレードすると解決する。

#オブジェクトparamは、hyperGTest用のGOHyperGParamsインスタンス。
GOHypG <- hyperGTest(param) 

#summary関数で結果を得る
summary(gotest_res) 
    initialize(value, ...) でエラー: 
    引数 "go_id" がありませんし、省略時既定値もありません 

summary関数がgo_idという引数をとるという記述も見当たらないし、同じエラーの痕跡がインターネット上になかなか見出せなかった。あとは、細かくソースを読み取るしかないが正直ダルイ。
そんな中、ようやく見つけた記事がこちらで、GOstatsの場合もどうやらバージョンの問題ではないかと推測して、3.5へアップグレードした。アップグレード後の結果は、summary関数が通るだけなので載せないが、アップグレード前のバージョンは、3.4.6。決して現時点(2018.7.18)でも古いバージョンではない。アップグレード後のsession.infoを載せておく。

> sessionInfo()
R version 3.5.1 (2018-07-02)
Platform: x86_64-apple-darwin15.6.0 (64-bit)
Running under: macOS High Sierra 10.13.4

Matrix products: default
BLAS: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/lib/libRblas.0.dylib
LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/lib/libRlapack.dylib

locale:
[1] ja_JP.UTF-8/ja_JP.UTF-8/ja_JP.UTF-8/C/ja_JP.UTF-8/ja_JP.UTF-8

attached base packages:
[1] stats4    parallel  stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
 [1] dplyr_0.7.6          org.Hs.eg.db_3.6.0   annotate_1.58.0      XML_3.98-1.12        GO.db_3.6.0          GOstats_2.46.0       graph_1.58.0         Category_2.46.0      Matrix_1.2-14        AnnotationDbi_1.42.1
[11] IRanges_2.14.10      S4Vectors_0.18.3     Biobase_2.40.0       BiocGenerics_0.26.0  BiocInstaller_1.30.0

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] Rcpp_0.12.17           pillar_1.3.0           bindr_0.1.1            compiler_3.5.1         bitops_1.0-6           tools_3.5.1            digest_0.6.15          bit_1.1-14             tibble_1.4.2          
[10] RSQLite_2.1.1          memoise_1.1.0          lattice_0.20-35        rlang_0.2.1            pkgconfig_2.0.1        DBI_1.0.0              Rgraphviz_2.24.0       bindrcpp_0.2.2         genefilter_1.62.0     
[19] tidyselect_0.2.4       bit64_0.9-7            grid_3.5.1             glue_1.3.0             GSEABase_1.42.0        R6_2.2.2               RBGL_1.56.0            survival_2.42-6        purrr_0.2.5           
[28] magrittr_1.5           blob_1.1.1             splines_3.5.1          assertthat_0.2.0       AnnotationForge_1.22.0 xtable_1.8-2           RCurl_1.95-4.11        crayon_1.3.4          
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