RのバージョンにセンシティブなhyperGTestのエラー
GOstatsの超幾何分布検定関数hyperGTestが、結果の抽出時にエラーを吐く。タイトル通り、Rのバージョンを3.5 以上にアップグレードすると解決する。
#オブジェクトparamは、hyperGTest用のGOHyperGParamsインスタンス。
GOHypG <- hyperGTest(param)
#summary関数で結果を得る
summary(gotest_res)
initialize(value, ...) でエラー:
引数 "go_id" がありませんし、省略時既定値もありません
summary関数がgo_idという引数をとるという記述も見当たらないし、同じエラーの痕跡がインターネット上になかなか見出せなかった。あとは、細かくソースを読み取るしかないが正直ダルイ。
そんな中、ようやく見つけた記事がこちらで、GOstatsの場合もどうやらバージョンの問題ではないかと推測して、3.5へアップグレードした。アップグレード後の結果は、summary関数が通るだけなので載せないが、アップグレード前のバージョンは、3.4.6。決して現時点(2018.7.18)でも古いバージョンではない。アップグレード後のsession.infoを載せておく。
> sessionInfo()
R version 3.5.1 (2018-07-02)
Platform: x86_64-apple-darwin15.6.0 (64-bit)
Running under: macOS High Sierra 10.13.4
Matrix products: default
BLAS: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/lib/libRblas.0.dylib
LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/lib/libRlapack.dylib
locale:
[1] ja_JP.UTF-8/ja_JP.UTF-8/ja_JP.UTF-8/C/ja_JP.UTF-8/ja_JP.UTF-8
attached base packages:
[1] stats4 parallel stats graphics grDevices utils datasets methods base
other attached packages:
[1] dplyr_0.7.6 org.Hs.eg.db_3.6.0 annotate_1.58.0 XML_3.98-1.12 GO.db_3.6.0 GOstats_2.46.0 graph_1.58.0 Category_2.46.0 Matrix_1.2-14 AnnotationDbi_1.42.1
[11] IRanges_2.14.10 S4Vectors_0.18.3 Biobase_2.40.0 BiocGenerics_0.26.0 BiocInstaller_1.30.0
loaded via a namespace (and not attached):
[1] Rcpp_0.12.17 pillar_1.3.0 bindr_0.1.1 compiler_3.5.1 bitops_1.0-6 tools_3.5.1 digest_0.6.15 bit_1.1-14 tibble_1.4.2
[10] RSQLite_2.1.1 memoise_1.1.0 lattice_0.20-35 rlang_0.2.1 pkgconfig_2.0.1 DBI_1.0.0 Rgraphviz_2.24.0 bindrcpp_0.2.2 genefilter_1.62.0
[19] tidyselect_0.2.4 bit64_0.9-7 grid_3.5.1 glue_1.3.0 GSEABase_1.42.0 R6_2.2.2 RBGL_1.56.0 survival_2.42-6 purrr_0.2.5
[28] magrittr_1.5 blob_1.1.1 splines_3.5.1 assertthat_0.2.0 AnnotationForge_1.22.0 xtable_1.8-2 RCurl_1.95-4.11 crayon_1.3.4
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