prepDE.pyをpython3で動かす #Python

prepDE.pyをpython3で動かす

StringTieで計算した発現量を入力として、Rの環境で発現解析するためにStringTieのパッケージではprepDE.pyが用意されているものの、python2で実装されているためにpython3の環境構築をしている人にとっては、一時的にでもpython2に変更する必要が生じる。これはいささか気持ちが悪いし、自分でコードを書く気力がない人にとっては大きな問題だろう。

python2のコードをpython3に変換する方法はいくつか用意されているが、実際は変換がうまくいくとは限らない。調べていると、RのライブラリーであるRNAseqRでは、StringTieのパイプラインを使った場合にRで読み込む際にprepDE.pyをバックエンドで利用する。このRNAseqRのマニュアルに、python3の場合の対応が記載されていた。引用開始>

5.9 The Reads Count Table Creator

Whether this step is executed depends on the availability of Python on your workstation.

Input: ‘samplelst.txt’

Output: ‘gene_count_matrix.csv’, ‘transcript_count_matrix.csv’

The reads count table converter Python script is downloaded as prepDE.py

Python checking

When Python is not available, this step is skipped.

When Python2 is available, prepDE.py is executed.

When Python3 is available, the 2to3 command will be checked.(Usually, if Python3 is installed, 2to3 command will be installed too.)

When Python3 is available but the 2to3 command is unavailable, the raw read count step will be skipped.

When Python3 and the 2to3 command are available, prepDE.py is converted to a file that can be executed by Python2 and is automatically executed.

<引用終わり

つまり、幸いにも変換コマンドでpython3のコードに変換してもworkしそうだとわかった。ではやってみよう。環境はOSX10.13.4 High Sierra。

Option: Pythonの準備（ただしpyenvで管理している場合）

1. pyenvによるpythonのバージョンの変更

suimyenbookpuro:stringtie suimye$ pyenv versions
  system
* 2.7.6 (set by /Users/suimye/.pyenv/version)
  3.6.0
  anaconda3-4.3.1
  anaconda3-4.3.1/envs/py3.6.0

2. pyenvによるpythonのバージョンの変更

suimyenbookpuro:stringtie suimye$ pyenv global 3.6.0
suimyenbookpuro:stringtie suimye$ pyenv versions
  system
  2.7.6
* 3.6.0 (set by /Users/suimye/.pyenv/version)
  anaconda3-4.3.1
  anaconda3-4.3.1/envs/py3.6.0

prepDE.pyをpython3のコードにする

次のコマンドを実行すると、prepDE.pyは上書きされてpython3のコードに変換される。元のコードはprepDE.py.bakというファイルでバックアップされているので、もし動かなくてもこのファイルから復活させればよい。

2to3 -w ~/tools/stringtie-2.0.6.OSX_x86_64/prepDE.py

1. stringtieでgtf fileとctabファイルを生成

BAMFILE1=test1.sort.bam
BAMFILE2=test2.sort.bam
REFGTF=/Users/suimye/genome/hg19.refFlat.20130205.gtf

/Users/suimye/tools/stringtie-2.0.6.OSX_x86_64/stringtie  $BAMFILE1 -e -B -G $REFGTF -o ball.test1.gtf
/Users/suimye/tools/stringtie-2.0.6.OSX_x86_64/stringtie  $BAMFILE2 -e -B -G $REFGTF -o ball.test1.gtf

2. prepDE用のリストを作成

printf "test1\tball.test1.gtf\n" >list.txt
printf "test2\tball.test2.gtf\n" >>list.txt

4. prepDE.pyを実行

python ~/tools/stringtie-2.0.6.OSX_x86_64/prepDE.py -i list.txt

5. 実行結果(ls)

-rw-r--r--   1 suimye  staff   318K 12 25 13:32 gene_count_matrix.csv
drwxr-xr-x  32 suimye  staff   1.0K 12 25 13:32 .
-rw-r--r--   1 suimye  staff   723K 12 25 13:32 transcript_count_matrix.csv
-rw-r--r--   1 suimye  staff    65M 12 25 13:03 ball.test2.gtf
-rw-r--r--   1 suimye  staff    65M 12 25 13:03 ball.test1.gtf

gene_count_matrix.csvの中身

suimyenbookpuro:stringtie suimye$ head gene_count_matrix.csv
gene_id,test1,test2
DDX11L1,15,2
WASH7P,0,1
MIR6859-1,0,0
MIR6859-2,0,0
MIR6859-3,0,0
MIR6859-4,0,0
------省略-----

prepDE.pyをpython3で動かす