正確にはIDEから管理対象外に指定する方法です。
背景
PhoneGapもといCordovaでは3.0系からコマンドビルドに変更され、wwwフォルダのファイルがplatformフォルダ以下にコピーされるようになりました。このためWebStormで開発していると検索で重複して表示されてしまいます。間違ってファイルを編集したり、置換するときにも余計に検索されてしまうので検索対象から除外したいわけです。
除外方法
そもそもIDEの管理から除外できるようなので、こちらを採用しました。
右クリック -> Mark Directory As -> Excluded
(追記)解除方法
解除方法も欲しいといわれたので。
メニューバー -> WebStorm -> Preferences...
Project Settings -> Directories -> 除外されたフォルダを右クリック -> Excludedを外す