TinkerToolsのインストールガイド：Cygwin、WSL、Dockerを使った方法

TinkerToolsは化学計算を行うためのパワフルなツールセットです。しかし、そのインストール方法は多少複雑で、特に日本語の情報が少ないため、ここに私の経験を基にした手順を共有します。

環境設定について

Windowsユーザーであれば、CygwinやWSL(Windows Subsystem for Linux)を利用することが一般的です。私は両方の方法でTinkerToolsをインストールした経験がありますが、ここではそれぞれの方法と、さらにDockerを使った方法も紹介します。

Cygwinは、Windows上でLinux風の環境を提供するツールです。以下のサイトからダウンロードして、セットアップを行ってください。

CygwinでTinkerToolsをビルドするために必要なパッケージをインストールします。
Step 3でつまづきましたが、FFTW関連のパッケージを全部入れたらとりあえず動きました。

CygwinTerminalを 管理者権限 で実行してください。GitHubからTinkerToolsのリポジトリをクローンし、以下のコマンドを実行してビルドします。
（ルートディレクトリにしている理由は、ユーザ名にLinuxだと扱えない文字が入ることを防ぐためです。）

cd /
git clone git@github.com:TinkerTools/tinker.git
cd tinker/source
cp ../make/Makefile .
make

Cygwinを一度閉じてもう一度開き直してください（今回は管理者権限による起動をする必要はありません）。
そうしたら以下のコマンドを入力して、環境変数を設定します。そうするとコマンドが使えるようになっているはずです。

echo "export PATH=$PATH:/tinker/source" >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

WSL(Windows Subsystem for Linux)を使用する方法もあります。こちらは、特にWindows 10以降のOSで推奨される方法です。

WSLのセットアップ方法はOSによって異なるため、公式のガイドを参照してください。

Ubuntuなどのディストリビューションを使っている場合は、aptを使用して以下のコマンドで必要なパッケージをインストールします。

sudo apt update && apt upgrade -y
sudo apt install -y git make vim gfortran libfftw3-dev libfftw3-mpi-dev

GitHubからクローンし、ビルドを行います。管理者権限が必要な場合は適宜sudoを使ってください。

cd /
git clone https://github.com/TinkerTools/tinker.git
cd tinker/source
cp ../make/Makefile .
make

最後に環境変数を設定します。

echo "export PATH=$PATH:/tinker/source" >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

これでコマンドが使えるようになっているはずです。

Dockerを使用すると、環境依存の問題を避けることができます。以下のコマンドでTinkerToolsが構築されたDockerコンテナを起動できます。

docker run -it sugimochi/tinker

ローカル環境のディレクトリをコンテナにマウントするには、以下のようにします。パスは絶対パスでお願いします。

docker run -it -v <ローカル環境のパス>:<コンテナ環境のパス> sugimochi/tinker

Docker環境の構築については、DockerHubとGitHubに情報を公開していますので、ご自由にご利用ください。