Windows 圧縮コマンド何通りかやったけど制約が多い。。。
Powershell の標準 Compress-Archive だと2GB以上のファイルあるとエラー。。。
いくつか試したけど他プロセスで使ってるファイルは圧縮するとエラー出てしまう。。。
圧縮前にコピーしてそれに対して圧縮すればよいけどサイズ大きいとつらいかも。。。

Shell. Application 利用

サイズの制約がなく追加もできるので使い勝手はよさそう
ただ非同期実行になるので終了待ち、エラーハンドリングが難しい。。

$filepath = "C:\aaa\bbb\ccc\ddd";
$zipfilepath = "C:\aaa\bbb\ccc\ddd_" + $(Get-Date -Format "yyyyMMddHHmmss") + ".zip";
$cnt = 0;

set-content $zipfilepath ("PK" + [char]5 + [char]6 + ("$([char]0)" * 18 ));
(dir $zipfilepath).IsReadOnly = $false;

$shellApplication = New-Object -com Shell.Application;
$zipPackage = $shellApplication.NameSpace($zipfilepath);

foreach($file in $(Get-ChildItem $filepath)){
    if ($(Get-ChildItem $file.Fullname).Count -eq 0) {
        # 0件のフォルダはエラー発生するのでスキップ
    } else {
        $zipPackage.CopyHere($file.Fullname)
        while(($cnt + 1) -ne $zipPackage.Items().Count) {
            start-sleep -milliseconds 500
        }
        $cnt ++
    }
}

System.IO.Compression.FileSystem CreateFromDirectory

ディレクトリ圧縮のみ使える、サイズ2GB以上がディレクトリにあっても圧縮できる
終了待ち、エラーハンドリングはやりやすい

$filepath = "C:\aaa\bbb\ccc\ddd";
$zipfilepath = "C:\aaa\bbb\ccc\ddd_" + $(Get-Date -Format "yyyyMMddHHmmss") + ".zip";

Add-Type -AssemblyName System.IO.Compression.FileSystem
[System.IO.Compression.ZipFile]::CreateFromDirectory(
    $filepath
    , [System.IO.Compression.CompressionLevel]::Optimal
    , $false);

System.IO.Compression.FileSystem CreateEntryFromFile

ファイル圧縮のみ使える、サイズ2GB以上だと圧縮できない。。。

$filepath = "C:\aaa\bbb\ccc\ddd.txt";
$zipfilepath = "C:\aaa\bbb\ccc\ddd_" + $(Get-Date -Format "yyyyMMddHHmmss") + ".zip";

Add-Type -AssemblyName System.IO.Compression.FileSystem

$zip = [System.IO.Compression.ZipFile]::Open($zipfilepath, "Update")
[System.IO.Compression.ZipFileExtensions]::CreateEntryFromFIle($zip, $filepath, $(Split-Path $filepath -Leaf))
$zip.Dispose();