【RDKit】Draw.MolsToGridImageで作成したイメージの保存

はじめに

最近、RDKitを使用し始めました。
その中でDraw.MolsToGridImageで作成したイメージの保存したいと思うことがありました。
イメージの保存は以下のようにできるとありました。

img.save('sample.svg')

しかし、私の場合は以下のようなエラーが出てうまく保存できませんでした。

---------------------------------------------------------------------------
AttributeError                            Traceback (most recent call last)
<ipython-input-35-a3256ff69e93> in <module>
----> 1 img.save('sample.svg')

AttributeError: 'SVG' object has no attribute 'save'

イメージの保存の仕方がわかったので共有します。

本文

環境

Dockerで作成したJupyterLab上で実行しています。

• macOS Monterey 12.2.1
• Docker version 20.10.12
• Python 3.9.5
• rdkit-pypi 2021.9.4

RDKitのimport

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Draw

サンプルデータの作成

smiles_dict = {
    'benezene': 'c1ccccc1',
    'pentacene': 'c1ccc2cc3cc4cc5ccccc5cc4cc3cc2c1',
    'BTBT': 'S1c2ccccc2C2=C1c1ccccc1S2',
    'TMTES-pentacene': 'CC[Si](CC)(CC)C#Cc1c2cc3c(C)ccc(C)c3cc2c(C#C[Si](CC)(CC)CC)c2cc3c(C)ccc(C)c3cc12',
}

smilesをrdkit.Chem.rdchem.Molオブジェクトに変換

moles_dict = {}
for name, smiles in smiles_dict.items():
    moles_dict[name] = Chem.MolFromSmiles(smiles)

Imageの保存

今回の問題の解決方法はwith open()を使うということです。
SVGとして保存する場合は、データはstrである必要があります。
また、PNGとして保存する場合は、bytesである必要があるようです。
どちらの場合もimg.dataでその形式のデータを取得できます。

type(img.data)

# SVGの場合の出力
str
# PNGの場合の出力
bytes

SVGとして保存

SVGとして保存する場合はDraw.MolsToGridImage()の引数にuseSVG=Trueを指定してください。

img = Draw.MolsToGridImage(moles_dict.values(), molsPerRow=2, subImgSize=(400, 400), legends=moles_dict.keys(), useSVG=True)

with open('sample.svg', mode='w') as f:
    f.write(img.data)

PNGとして保存

img = Draw.MolsToGridImage(moles_dict.values(), molsPerRow=2, subImgSize=(400, 400), legends=moles_dict.keys())

with open('sample.png', mode='wb') as f:
    f.write(img.data)

実行結果(sample.png)

おわりに

今回はDraw.MolsToGridImage()で作成したイメージを保存する方法を紹介しました。
間違い等がありましたら、ご連絡いただけますと幸いです。

参考

RDKit
RDKit日本語ドキュメント
"How to save "IPython.core.display.SVG" as PNG file?" -- Stack Overflow