問題の具体例
前からたまに起きていたような気がするけど、PlayerSettingsの設定を変更してもProjectSettings.assetに反映されない場合があって困った。
具体的には
Automatically Signにチェックを入れているのにビルドすると証明書関係でコケている
↓
保存したはずなのにProjectSettings.assetのappleEnableAutomaticSigningが0のまま
という状況。
「なんじゃこりゃ」と思ってBundle Identifierとかを書き換えて保存してみると、こちらは正しく保存されている。特定の項目だけ保存されないぽい。
他の人にも再現せず、アセットとかエディタ拡張を疑うもたくさん入れすぎてて調査するのがしんどすぎる状況。
ググったら解決した
Android player settings not always saved
Typical, just after posting I found a solution! It seems the problem was caused by having multiple Inspector tabs open.
5年も前の記事だしレスポンスもほとんどないから目立たないポストだったけど、まさにこれだった。
同じことをしてる人がどれくらいいるかわからないけど、自分はInspectorウィンドウを常にNormalとDebugの２つ開いている人間（同一ウィンドウの別タブにしてある）なので、片方のウィンドウで設定を変更してももう片方の値で上書きされるようだった。
DebugのInspectorウィンドウはNormalと同じウィンドウの別タブにしてて隠れているので普段は見ておらず、完全に盲点だった。
というわけでDebugのInspectorウィンドウを閉じたら直った。めでたしめでたし。