スマートじゃないけどすごく簡単。

使用テキストエディタ
sakura

手順
①UTF-8 BOMつき付形式の空ファイルを用意しておく。(test01.txt)
⇒sakuraでtest01.txtという空ファイルを作り、名前を付けて保存でUTF-8 BOM付きを選択

②UTF-8 BOMなしでBOMを付与したいファイルを用意する。(text02.txt)

③CMD.exeでsopy /bを用いてtest01.txtとtest02.txtを結合してtest03.txtをつくる。
copy /b test01.txt + test02.txt test03.txt

④test03.txtをsakurade確認するとUTF-8 BOMつきになっている。