事実１

１つ目の記事でも触れたとおり、FileZillaは収益確保のためにアドウェアを導入しています。
もちろんユーザーとしてはあまり嬉しくなく、公式フォーラムでも2019年の11月頃からもセキュリティソフトに引っかかりまくるという旨のトピックが盛り上がりを見せていました。

事実２

２つ目の記事では「古いバージョンは警告されるが、新しいバージョンは警告されない」という内容でした。
記事には書きませんでしたが、正確には警告のある古いバージョンは3.46.3、警告のない新しいバージョンは3.47.0です。
私が利用しているのはProバージョンなのでもともとアドウェアが含まれていないはずなのですが、実行アプリケーション名とバージョン名は同一なのでそのへんでチェックしているのでしょうか。

推測

もしかしてAppleから怒られが発生してアドウェアを外さざるをえなくなったのでは？

事実３

ダウンロードページのInternet Archiveを見ると１月時点ではダウンロードの緑のボタンはFileZilla_3.46.3_macosx-x86_sponsored-setup.dmgというアドウェア入りのものになっているが、２月現在はFileZilla_3.47.0_macosx-x86.app.tar.bz2というアドウェアを含まないものになっている。
ちょうど3.46から3.47に切り替わるタイミングですね。

結論

以上を踏まえたところ、Appleに怒られたかどうかは不明ですが、macOS版に限ってはアドウェアの入ったFileZillaは配布されなくなったようです。（Windows版は今もアドウェア入りをメインで配布中）
今のところ公式からこのような変更についての告知がなく、今までのサポートの傾向を見ると今後も告知はなさそうなので、推測を含めた形でこの記事を公開します。