ちょっとハマったのでメモとして．
内容としては「公式ドキュメントをくまなくよめ」が総括です．
それと，ネット上の情報は古いものが多くてビルド方法に悩んだのもありました．

やりたかったこと

Ubuntu 16.04 で L2TP / IPSec なVPN接続をしたかった(クライアント側の話)．

経緯

apt で network-manager-l2tp と network-manager-l2tp-gnome をインストール．
その後，ネットワークマネージャでVPNの諸々を設定．
他のPC (Windows / Linux) やスマホでも接続した経験があるVPNサーバだったので，サーバ側に問題はないと思われる．
にもかかわらず，接続がタイムアウトしてつながらなかった．

対処

apt ではなく，ソースから network-manager-l2tp をインストールした．

ただし，公式リポジトリ のReadme.mdを読むだけだと，Ubuntu16.04ではバージョン不整合でconfigureが通らない．

公式リポジトリのWikiのBuildingに詳細なビルド方法が書かれており，こちらに書いてあるとおりにビルドしたらバージョン問題は解決．

簡単に言えば，Ubuntu 16.04 ではネットワークマネージャのバージョンが古いので，それ用のブランチをチェックアウトしてこい，という話だった．
この一言がReadmeに書いてあれば…

おまけ : 具体的な手順

sudo apt remove network-manager-l2tp*
mkdir ~/tmp
cd tmp
git clone -b nm1-2 https://github.com/nm-l2tp/network-manager-l2tp.git
cd network-manager-l2tp
./autogen.sh
./configure \
  --disable-static --prefix=/usr \
  --sysconfdir=/etc --libdir=/usr/lib/x86_64-linux-gnu \
  --libexecdir=/usr/lib/NetworkManager \
  --localstatedir=/var \
  --with-pppd-plugin-dir=/usr/lib/pppd/2.4.7
make
sudo make install

最初にaptでインストールしたnetwork-manager-l2tpたちをアンインストール．
その後，公式リポジトリからブランチを指定してcloneし，設定ファイルを作り，makeし，インストールする．