めんどくさいので公開

Excelが読み取り専用モードになる問題は

Excel：保護されたビューを解除（無効）するには
http://office-qa.com/Excel/ex161.htm

の「方法(2) フォルダを信頼できる場所として指定する」等で回避?

Set-FirstCell.ps1

function Open-ExcelAndProcess($processMethod,$filename){
   try{
           # Excelオブジェクト作成
           $excel = New-Object -ComObject Excel.Application
           $excel.Visible = $false

           # 既存のExcel
           $book = $excel.Workbooks.Open($filename)

           # その他やりたい処理
           $ret = $processMethod.Invoke($excel)

           # 上書き保存
           if($ret){
              Write-Host "ファイルをセーブします"
              $book.Save()
           }

           # 閉じる
           $excel.Quit()

   } finally {
           $excel,$book,$sheet | foreach{
              if($_ -ne $null){
                 [Runtime.InteropServices.Marshal]::ReleaseComObject($_) > $null
              }
           }
   }
}
function Set-FirstCell($excel){
   $isChange=$false
   # 初期のアクティブシートを取得し、画面出力
   $activeSheet=$excel.ActiveSheet
   Write-Host ("アクティブシート："+$activeSheet.Name)

   # Sheet名一覧を取得します。Sheetの数の配列を作成し、それぞれの名前の配列に変換してます。
   $sheetNames=1..($excel.Worksheets.Count) | % {$excel.Worksheets.Item($_).Name}

   #シート名一覧ループ
   $sheetNames | % {
      # シート名からシートオブジェクトを取得
      $sheet = $excel.Worksheets.Item($_)
      # シートを選択
      $sheet.Activate() > $null

      # アクティブセルを取得
      $activeCell=$excel.ActiveCell
      # アクティブセル座標のハッシュオブジェクトを作成
      $activeCellArray=@{x=$activeCell.Column;y=$activeCell.Row}

      # シート名を画面出力
      Write-Host ("シート名："+$sheet.Name)

      if($excel.ActiveWindow.ScrollColumn -ne 1){
         Write-Host ("ScrollColumn set to 1")
         $excel.ActiveWindow.ScrollColumn = 1
         $isChange=$true
      }
      if($excel.ActiveWindow.ScrollRow -ne 1){
         Write-Host ("ScrollRow set to 1")
         $excel.ActiveWindow.ScrollRow = 1
         $isChange=$true
      }

      # 初期座標を画面出力
      Write-Host ("x:"+$activeCellArray.x+" y:"+$activeCellArray.y)
      # アクティブセルが1ではなかった場合、A1を選択
      if(-not($activeCellArray.x -eq 1 -And $activeCellArray.y -eq 1)){
         $excel.Range("A1").Activate() > $null
         $isChange=$true
      }
   }
   # アクティブシートの名前が、一番先頭のシート名と違った場合は、先頭シートをアクティブ化
   $excel.Worksheets.Item(1).Activate() > $null
   if($sheetNames -is [Array] -And $activeSheet.Name -ne $sheetNames[0]){
      $isChange=$true
   }
   # 関数の戻り値として、シートを変更したかをリターン
   $isChange
}

foreach($arg in $args){
   Open-ExcelAndProcess ${function:Set-FirstCell} $arg
}

Set-FirstCell.bat

@echo off
powershell -file %~pdn0.ps1 %*

参考：http://qiita.com/tomoko523/items/a70bfbe65fca0b547f5c