glob関数は、指定したパターンに一致するファイルを配列として取得する便利な関数ですが、何も考えず
$list = glob('/tmp/*');
などとやってしまうと、ドットで始まるファイル(隠しファイル)はヒットしません。そのような隠しファイルを検索したい場合はGLOB_BRACEオプションを指定して隠しファイルもヒットするようにパターンを指定しましょう。
$list = glob('/tmp/{*,.*}',GLOB_BRACE);
「"." や ".." はいらん」という場合はさらにパターンを指定して...
$list = glob('/tmp/{*,.[!.]*,..?*}',GLOB_BRACE);
としましょう。
なお、DirectoryIteratorおよびopendirで取得する場合は何も指定しなくても隠しファイルを検索できるようです。