サンプルで rootパスワード忘れた場合を試してみた
$ sudo su -
$ gitlab-rails console -e production
user = User.find_by_username 'root'
user.password = 'password'
user.password_confirmation = 'password'
user.send_only_admin_changed_your_password_notification!
user.save!
最近のアプデで user.send_only_admin_changed_your_password_notification! が追加されたから、ドキュメントしっかり読まないと更新できないっぽい
参考