以下2点を解消すれば動くようになりました。
・xfce4-keyboard-shortcuts.xmlのshow_desktop_keyエントリが二個登録されている
・winキーのショートカットにxfce4-popup-whiskermenuが設定されている
まず、こちらのファイルにshow_desktop_keyに関するエントリが2件あります。
このなかからSuper+D以外のshow_desktop_keyのエントリを削除します。
~.config/xfce4/xfconf/xfce-perchannel-xml/xfce4-keyboard-shortcuts.xml
次に、キーボード設定の「アプリケーションショートカットキー」のなかにsuperキーに割り当てられているものがあるので、それを他のショートカットに割り当てます。
これでwin+dでのデスクトップ表示が動くようになりました。