記事の目的
自作PCクラスタの構築手順をしばしば失念するため，その備忘録をここに書き残すこととします．
自作PCクラスタ構築手順
1. 材料の準備
ノード/ファイルサーバ1台ごとに必要なもの
- CPU
- マザーボード
- PC用電源ユニット
- DRAM(DDR4やDDR5等)
- SSDまたはHDD
- LANケーブル
- PCケースまたはベンチ台
1つあればよいもの
- スイッチングハブ
- キーボード
- マウス
- モニター
- ディスプレイケーブル
- OSインストール用USB(LiveUSB)
オプショナルな材料
- グラフィックボード(GPU)
- Ethernetカード
- PCラック
- CPU冷却ファン(i9/Ryzen9クラスでは必須)
2. 組み上げ
(1) OSインストール用USB(LiveUSB)を作成しておく．
例えば，ubuntuであれば公式HPから.isoイメージをダウンロードし，UNetbootin等を用いてLiveUSBを作成しておく．
(2) マザーボードにCPUを取り付ける．この際にピン曲がりに注意．
(3) (2)をPCケースに取り付け，電源ユニット，DRAM，SSD/HDD等を取り付ける．この際，のちの混乱を避けるため，ストレージとしてはOSをインストールする予定のSSD/HDDのみを接続しておく．
(4) 組んだPCにLiveUSBを挿してOSのインストールを行う．なお，hostnameとローカルIPアドレスはノードごとに事前に決めておくこと．以下ではUbuntu 18.04をインストールした場合について記述する．
(5) 計算ノードでは(5-1)，ファイルサーバでは(5-2)を実行する．
(5-1) 計算ノードにログインしたら以下のスクリプトを実行する．次いで，mkdir /mnt/nfs などを実行し，全計算ノード上の同じ場所にマウントポイントを作成する．また，ssh-keygenしておく．
#!/bin/sh
sudo apt install -y gcc
sudo apt install -y gfortran
sudo apt install -y libopenmpi-dev
sudo apt -y install nfs-common
sudo apt -y install lm-sensors
sudo apt -y install openssh-server
#以下は好み次第では不要
sudo apt -y install libblas-dev
sudo apt -y install liblapack-dev
sudo apt -y install libatlas3-base
sudo apt -y install libatlas-base-dev
sudo apt -y install libopencv-dev
sudo apt -y install gcc-offload-nvptx
(5-2) ファイルサーバにログインしたら以下のスクリプトを実行する．次いで，mkdir /mnt/nfs などを実行し，マウントポイントを作成する．また，ssh-keygenしておく．
#!/bin/sh
sudo apt install -y gcc
sudo apt install -y gfortran
sudo apt install -y libopenmpi-dev
sudo apt -y install nfs-common
sudo apt -y install nfs-kernel-server
sudo apt -y install lm-sensors
sudo apt -y install openssh-server
#以下は好み次第では不要
sudo apt -y install libblas-dev
sudo apt -y install liblapack-dev
sudo apt -y install libatlas3-base
sudo apt -y install libatlas-base-dev
sudo apt -y install libopencv-dev
sudo apt -y install gcc-offload-nvptx
(6) ファイルサーバ上で，nfs用のディスクをマウント&フォーマットしたあとで，/etc/exportsを編集して，計算ノードに対してアクセスを許可する．その後，sudo systemctl start nfs-kernel-serverなどとしてnfsサーバを起動する．
(7) 計算ノードのNICに，あらかじめ決めておいた固定IPを設定した上で(/etc/netplanから設定可能)，sudo mount 192.168.0.200:/mnt/nfs /mnt/nfsなどとしてファイルサーバのnfs用領域をマウントする．
(8) 全ての計算ノード相互にssh-copy-idを行い，パスワードなしで互いにログインできるようにしておく．
さいごに
多分以上の手続きを行えばよいのですが，もし漏れがあれば追記します．