リポジトリに入ってるファイルを git rm じゃなくてふつうに rm しちゃったときにその対象のファイルを git rm --cached まとめてやるときにそれはそれで面倒だから alias な gitconfig。

追記: git add -u でいけた

# ほかのalias省略
# これで git rm-deleted できる。

[alias]
    rm-deleted = "!f() { git status -s | grep '^ D' | cut -d' ' -f3 ; }; git rm --cached `f`"