Go to Qiita Advent Calendar 2024 Top
LoginSignup
1
1

Delete article

Deleted articles cannot be recovered.

Draft of this article would be also deleted.

Are you sure you want to delete this article?

@sonota88

Ubuntu 22.04にJupyter NotebookとIRubyをインストール（pyenv, rbenv, Bundler を使用）

Last updated at Posted at 2022-05-07
  • それぞれのバージョンが上がった以外は前回の Ubuntu 18.04 のときからあまり変わっていません
    • Bundler の binstubs を利用する手順を追加しました
  • 手軽に試したい場合は公式の Docker イメージや Binder を利用するのが良いと思います（IRuby の README を参照）

大事なので2回書きます。手軽に試したい場合は公式の Docker イメージを使うか、Binder を使いましょう（IRuby の README を参照）。
下記のようなインストール手順は不要ですぐ使えます。

バージョンなど

Ubuntu 18.04（コンテナ外の作業環境）
anyenv
pyenv
  Python 3.10.3
rbenv
  Ruby 3.1.2

jupyter 1.0.0
  jupyter_core 4.10.0
  notebook 6.4.11
iruby 0.7.4

Docker の用意

Docker イメージを作るのが目的ではなく、まっさらな状態に戻してあれこれ試すために使います。
Docker なしでも大体同じだと思います。

# Dockerfile

FROM ubuntu:22.04

RUN apt-get update \
  && apt-get install -y sudo git wget build-essential nano

RUN useradd --create-home --gid sudo --shell /bin/bash user1 \
  && echo 'user1:pass' | chpasswd \
  && echo 'Defaults visiblepw'           >> /etc/sudoers \
  && echo 'user1 ALL=(ALL) NOPASSWD:ALL' >> /etc/sudoers

USER user1

WORKDIR /home/user1

CMD ["/bin/bash"]

参考: Dockerコンテナ内にsudoユーザを追加する - Qiita

ユーザ名 user1 は適当なものです。適宜読み替えます。以下同様。

イメージをビルドしてコンテナを起動。

docker build -t ubuntu_jupyter:22.04 .
docker run --rm -it -p8888:8888 ubuntu_jupyter:22.04 bash

以下はコンテナ内で作業しています。

anyenv, rbenv, pyenv のインストール

git clone https://github.com/anyenv/anyenv ~/.anyenv

  # 一応バージョン指定
( cd ~/.anyenv; git checkout v1.1.4; git status )

echo 'export PATH="$HOME/.anyenv/bin:$PATH"' >> ~/.bashrc
echo 'eval "$(anyenv init -)"'               >> ~/.bashrc

exec bash -l

  # メッセージにしたがって実行
yes | anyenv install --init

anyenv install rbenv
anyenv install pyenv

  # 一応バージョン指定
( cd ~/.anyenv/envs/rbenv; git checkout v1.2.0; git status )
( cd ~/.anyenv/envs/pyenv; git checkout v2.2.5; git status )

exec bash -l

Ruby のインストール

sudo apt install -y libssl-dev zlib1g-dev
rbenv install 3.1.2

Docker のポートマッピングの確認。先に疎通確認しておきます。

rbenv shell 3.1.2
gem install webrick
ruby -run -e httpd -- --port=8888 --bind-address=0.0.0.0 .

ホスト側から http://localhost:8888/ にアクセスできることを確認して Ctrl-C で止める。

Python のインストール

sudo apt install -y libffi-dev libsqlite3-dev
env PYTHON_CONFIGURE_OPTS='--enable-shared' pyenv install 3.10.3

env PYTHON_CONFIGURE_OPTS='--enable-shared' は後で PyCall を使うための指定
https://github.com/mrkn/pycall.rb#note-for-pyenv-users

Jupyter Notebook のインストール

  # ディレクトリと rbenv, pyenv の用意

mkdir ${HOME}/jupyter
cd ${HOME}/jupyter
pwd #=> /home/user1/jupyter

rbenv local 3.1.2
pyenv local 3.10.3

ruby -v   #=> ruby 3.1.2p20 (2022-04-12 revision 4491bb740a) [x86_64-linux]
python -V #=> Python 3.10.3

  # bundle init みたいなもの
  # "venv.d" は任意のディレクトリ名
python -m venv venv.d

  # 常に bundle exec してるみたいなモードになる
  # モードを抜けたい場合は deactivate を実行する
. venv.d/bin/activate

  # bundle add みたいなもの
pip install jupyter

jupyter notebook --no-browser --ip=0.0.0.0

  # ログイン用のトークン付きのURLが表示されるので、ホスト側のブラウザで開く

--ip=0.0.0.0 を指定しているのは Docker コンテナ内で実行してホスト側から参照するため。

確認できたら Ctrl-C で止める。

IRuby のインストール

基本的には
https://github.com/SciRuby/iruby
の説明を参考にしてインストールしました。

ただし、gem を Bundler で管理したいので、そのための手順を加えています。

Bundler 環境で iruby を実行するための方法として

  • binstubs を使う方法
  • ラッパースクリプトを使う方法

の2つを試しました。 binstubs を使う方が手順が簡単です。

binstubs を使う場合

sudo apt install -y libtool libffi-dev ruby ruby-dev make
sudo apt install -y libzmq3-dev libczmq-dev

bundle init
bundle config set --local path 'vendor/bundle'

bundle add ffi-rzmq iruby pycall rake

bundle binstubs iruby
  # ./bin/iruby が生成される

bin/iruby register --force
  # ~/.local/share/jupyter/kernels/ruby/kernel.json
  # が生成される

cat ~/.local/share/jupyter/kernels/ruby/kernel.json
  #=> {"argv":["/home/user1/jupyter/bin/iruby","kernel","{connection_file}"],"display_name":"Ruby 3.1.2","language":"ruby"}

  # この状態で jupyter 起動
jupyter notebook --no-browser --ip=0.0.0.0
  # → Ruby 3.1.2 のノートブックが新規作成できるようになる
  #  （メニューに表示されるようになる）

image.png

ラッパースクリプトを使う場合

sudo apt install -y libtool libffi-dev ruby ruby-dev make
sudo apt install -y libzmq3-dev libczmq-dev

bundle init
bundle config set --local path 'vendor/bundle'

bundle add ffi-rzmq iruby pycall rake

bundle exec iruby register --force
  # ~/.local/share/jupyter/kernels/ruby/kernel.json
  # が生成される

cat ~/.local/share/jupyter/kernels/ruby/kernel.json
  #=> {"argv":["/home/user1/jupyter/vendor/bundle/ruby/3.1.0/bin/iruby","kernel","{connection_file}"],"display_name":"Ruby 3.1.2","language":"ruby"}

  # この状態で jupyter 起動
jupyter notebook --no-browser --ip=0.0.0.0
  # → Ruby 3.1.2 のノートブックが新規作成できるようになる
  # （メニューに表示されるようになる）

image.png

しかし、実際に新規作成を行うと次のようなエラーが jupyter を起動したターミナルに出てうまく動かない。

[I 05:17:21.886 NotebookApp] KernelRestarter: restarting kernel (3/5), new random ports
/home/user1/.anyenv/envs/rbenv/versions/3.1.2/lib/ruby/3.1.0/rubygems.rb:265:in `find_spec_for_exe': can't find gem iruby (>= 0.a) with executable iruby (Gem::GemNotFoundException)
        from /home/user1/.anyenv/envs/rbenv/versions/3.1.2/lib/ruby/3.1.0/rubygems.rb:284:in `activate_bin_path'
        from /home/user1/jupyter/vendor/bundle/ruby/3.1.0/bin/iruby:25:in `<main>'

これはおそらく rbenv + bundler 環境で実行できていないせいなので、iruby コマンドのラッパー iruby.sh を用意して対処してみる。
（他に良い方法があるかもしれませんが、とりあえずこれで動きました。）

cat <<'EOB' > iruby.sh
#!/bin/bash

JUPYTER_DIR=~/jupyter

export PYENV_ROOT="${HOME}/.anyenv/envs/pyenv"
export LIBPYTHON=${PYENV_ROOT}/versions/3.10.3/lib/libpython3.10.so.1.0
export PYTHON=${JUPYTER_DIR}/venv.d/bin/python
  # これでもいい？
  # export PYTHON=${PYENV_ROOT}/shims/python

export RBENV_ROOT="${HOME}/.anyenv/envs/rbenv"
export PATH="${RBENV_ROOT}/bin:${PATH}"
eval "$(rbenv init -)"

rbenv shell 3.1.2

BUNDLE_GEMFILE=${JUPYTER_DIR}/Gemfile \
  bundle exec iruby "$@"
EOB

  # 実行権限を付ける
chmod u+x iruby.sh

  # iruby のパスを修正
nano ~/.local/share/jupyter/kernels/ruby/kernel.json

{
  "argv": [
    "/home/user1/jupyter/iruby.sh",  ...ここだけ修正
    "kernel",
    "{connection_file}"
  ],
  "display_name":"Ruby 3.1.2",
  "language":"ruby"
}

  # もう一度 jupyter を起動
jupyter notebook --no-browser --ip=0.0.0.0

これで ruby カーネルが動くようになった。

IRuby のノートブックを使う

基本的な使い方については IRuby Notebook 利用者ガイド が参考になります。

matplotlib を使っている箇所があるので、下記でインストールしておく必要があります。

pip install matplotlib
bundle add matplotlib

ライブラリの追加

Python のライブラリを追加したい場合

pip install lib_foo

Ruby のライブラリを追加したい場合

bundle add lib_foo

カーネルを再起動（ノートブックのページのメニューの Kernal → Restart）すると require できるようになる。

バージョン詳細

pip freeze 
argon2-cffi==21.3.0
argon2-cffi-bindings==21.2.0
asttokens==2.0.5
attrs==21.4.0
backcall==0.2.0
beautifulsoup4==4.11.1
bleach==5.0.0
cffi==1.15.0
debugpy==1.6.0
decorator==5.1.1
defusedxml==0.7.1
entrypoints==0.4
executing==0.8.3
fastjsonschema==2.15.3
ipykernel==6.13.0
ipython==8.3.0
ipython-genutils==0.2.0
ipywidgets==7.7.0
jedi==0.18.1
Jinja2==3.1.2
jsonschema==4.5.1
jupyter==1.0.0
jupyter-client==7.3.0
jupyter-console==6.4.3
jupyter-core==4.10.0
jupyterlab-pygments==0.2.2
jupyterlab-widgets==1.1.0
MarkupSafe==2.1.1
matplotlib-inline==0.1.3
mistune==0.8.4
nbclient==0.6.2
nbconvert==6.5.0
nbformat==5.4.0
nest-asyncio==1.5.5
notebook==6.4.11
packaging==21.3
pandocfilters==1.5.0
parso==0.8.3
pexpect==4.8.0
pickleshare==0.7.5
prometheus-client==0.14.1
prompt-toolkit==3.0.29
psutil==5.9.0
ptyprocess==0.7.0
pure-eval==0.2.2
pycparser==2.21
Pygments==2.12.0
pyparsing==3.0.8
pyrsistent==0.18.1
python-dateutil==2.8.2
pyzmq==22.3.0
qtconsole==5.3.0
QtPy==2.1.0
Send2Trash==1.8.0
six==1.16.0
soupsieve==2.3.2.post1
stack-data==0.2.0
terminado==0.13.3
tinycss2==1.1.1
tornado==6.1
traitlets==5.1.1
wcwidth==0.2.5
webencodings==0.5.1
widgetsnbextension==3.6.0
jupyter --version 
Selected Jupyter core packages...
IPython          : 8.3.0
ipykernel        : 6.13.0
ipywidgets       : 7.7.0
jupyter_client   : 7.3.0
jupyter_core     : 4.10.0
jupyter_server   : not installed
jupyterlab       : not installed
nbclient         : 0.6.2
nbconvert        : 6.5.0
nbformat         : 5.4.0
notebook         : 6.4.11
qtconsole        : 5.3.0
traitlets        : 5.1.1
cat Gemfile.lock 
GEM
  remote: https://rubygems.org/
  specs:
    data_uri (0.1.0)
    ffi (1.15.5)
    ffi-rzmq (2.0.7)
      ffi-rzmq-core (>= 1.0.7)
    ffi-rzmq-core (1.0.7)
      ffi
    io-console (0.5.11)
    irb (1.4.1)
      reline (>= 0.3.0)
    iruby (0.7.4)
      data_uri (~> 0.1)
      ffi-rzmq
      irb
      mime-types (>= 3.3.1)
      multi_json (~> 1.11)
      native-package-installer
    mime-types (3.4.1)
      mime-types-data (~> 3.2015)
    mime-types-data (3.2022.0105)
    multi_json (1.15.0)
    native-package-installer (1.1.4)
    pycall (1.4.1)
    rake (13.0.6)
    reline (0.3.1)
      io-console (~> 0.5)

PLATFORMS
  x86_64-linux

DEPENDENCIES
  ffi-rzmq (~> 2.0)
  iruby (~> 0.7.4)
  pycall (~> 1.4)
  rake (~> 13.0)

BUNDLED WITH
   2.3.7

参考

この記事を読んだ人は（ひょっとしたら）こちらも読んでいます

1
1
3

Register as a new user and use Qiita more conveniently

  1. You get articles that match your needs
  2. You can efficiently read back useful information
  3. You can use dark theme
What you can do with signing up
Sign upLogin
1
1

Delete article

Deleted articles cannot be recovered.

Draft of this article would be also deleted.

Are you sure you want to delete this article?