同じ問題を抱えている方がいるかと思い投稿しました。
内容的には負荷の原因となっているアプリの特定です。
私の場合は、某ウイルススキャンソフトがログを頻繁にディスクに書き込むことによりSystemプロセス（Windows Kernel）やディスクIOが高くなり事象が発生していることが分かり、アンインストールしたところ、すっきり解決しました。
以降が解決までのプロセスです。調査中に記録を取っていないし、再度インストールもしたくないので画像説明とかないです。フルテキストです。
１．まずはタスクマネージャのプロセスタブでCPU使用率が高いプロセスを見つけます。
私の場合は、Systemプロセスが非常に高負荷な状態になってました（何もしていないのに）。次に某ウイルススキャンソフトでした。
２．タスクマネージャから某ウイルススキャンの停止を試みましたが拒否されました。
３．某ウイルススキャンソフトの機能でリアルタイムスキャンやその他をすべて一時停止しました。しかし、状況変わらず。
４．CPU割り込みかと思い、ネットワーク、キーボード、マウス等をすべて切断しました。しかし、状況変わらず。
５．Windows Updateが原因かと思い、最近のアップデートをアンインストールしました。しかし、状況変わらず。
６．IO関連と思い、タスクマネージャのパフォーマンスタブからのリソースモニタを開いたところ、ディスクIO負荷が高いことが分かりました。ディスクの活動にあるファイルパスを見るとアクセスが高いのが某ウイルススキャンのログ出力でした。
７．なので某ウイルススキャンをアンインストールしました。これで解決。
ウイルススキャンの機能を停止してもログを吐き続けるのはどうかと思います。
そもそも、PCの使用を妨げるような負荷が発生するウイルススキャンソフトは本末転倒だと思います。ウイルスかよ。と思いました。しかもお金払ったのに。
一応言っておくのですが、この記事はウイルススキャンソフトを非難するものでは決してありません。ウイルススキャンソフトがすべてダメとは思わないでください。すばらしい製品はあります。
セキュリティは３原則があって、「秘匿性」「機密性」「可用性」です。
PCの可用性を損なうなら、セキュリティ製品として問題があります。
たとえば最強のネットワークセキュリティ（とは呼べないですが防御策）は、ネットワークから切断することです（LAN抜いたり、WiFiをOFFにしたり）。しかし可用性は著しく損なわれます。
某ウイルススキャンソフト会社も、その事を意識した上で製品開発及び改善をしてもらいたいですね。スキャンにより多少負荷が上がるのはしかたない事ですが、使用に支障をきたすようではダメです。ようするにセキュリティはバランスが一番大事と私は思います。