「放っておくと紛失不可避」という勝手な理由で今回は単なる受け売りです。
状況
AVX2命令が利用可能なCPUにおいてVirtualBoxのVMをセットアップすると、/proc/cpuinfoにavx2がない。
手元の環境はi7-6700ですが、恐らく実装されているCPU全部でそうでしょう。
備考
Windowsホストで確認した内容なので、UNIX系ホストでも発生するかは不明。
対処
基本的にはいずれ公式にデフォルトサポートされると思われる（現に元記事に言及のあるSSE4.1/4.2はデフォルトで有効）が、すぐ使いたければVBoxManageからゲストにフラグを付けると有効になる。
VBoxManage setextradata "仮想マシンの名称" VBoxInternal/CPUM/IsaExts/AVX2 1
参照
How to enable AVX2 extensions on a Ubuntu guest in VirtualBox 5?
余談
VirtualBox5.1でNVMeエミュレーションが実装されましたが、まだ使わない方がいいみたいです。
ついにSATA2ドライバから解放される！と狂喜乱舞してたらどうもデータを書いたそばから化けるらしく、……しなくていい徹夜をしてしまいました。
VMホストの新機能にGentooで突撃はやめましょう。不具合の原因探しで夜が明けてしまいますので←