ShellScriptでディレクトリ内の全てのファイルに対してプログラムを実行

実行プログラムprogramの実行形式は./program 入力ファイル 出力ファイルとします。
プログラムの入力ファイルはinput/ディレクトリから読み込み、出力ファイルはoutput/ディレクトリ、標準出力と標準エラーのログはlog/ディレクトリに出力します。

script.sh

#!/bin/bash

program="program"
in_dir="input/"
out_dir="output/"
log_dir="log/"

while read -d $'\0' file; do
    f=`echo ${file} | awk -F "/" '{ print $NF }'`
    nohup ./${program} ${in_dir}${f} ${out_dir}${f}.out > ${log_dir}${f}.log 2>&1
done < <(find ${in_dir} -mindepth 1 -maxdepth 1 -print0)

スクリプトファイルを実行するときは&をつけてバックグラウンドで実行すると良いでしょう。

$ ./script.sh &