動作環境

いずれも 2019/9 時点の(おおよそ)最新。

Python: 3.7.4
Flask: 1.1.1
boto3: 1.9.230

ファイルアップロードファイルを受け付ける

htmlのフォームタグにenctype="multipart/form-data"属性を指定する必要があります。
詳細は本記事の対象外とします。
参考 - Flaskでmultipart/form-dataのファイルアップロードを実現する方法

S3への転送

boto3 の put_object メソッドでbytesオブジェクトを指定できるため、受け取ったファイルをbytesオブジェクトに変換して渡すことでS3アップロードが行えます。
参考 - S3 - Boto3 Doc

put_object(**kwargs)
Request Syntax
response = client.put_object(
ACL='private'|'public-read'|'public-read-write'|'authenticated-read'|'aws-exec-read'|'bucket-owner-read'|'bucket-owner-full-control',
Body=b'bytes'|file, ←★これ。

※アップロード先のバケット名やパスはconfig.pyで定義しておくのが良いと思います。

s3_upload.py

import io
import boto3
from Flask import jsonify

@app.route('/upload', methods=['POST'])
def workflow_create():
    if request.method == 'POST':
        # アップロードファイルを取得
        uploaded_file = request.files['file']
        # エラーチェック
        if uploaded_file.filename == '':
            return jsonify(message='ファイルを指定してください'), 400
        # S3アップロード処理
        s3_bucket = app.config['S3_BUCKET']
        s3_dir = app.config['S3_DIR']
        s3 = boto3.client('s3', region_name = 'ap-northeast-1')
        response = s3.put_object(
            Body = io.BufferedReader(uploaded_file).read(),
            Bucket = s3_bucket,
            Key = f'{s3_dir}/{uploaded_file.filename}'
        )
        if response['ResponseMetadata']['HTTPStatusCode'] != 200:
            return jsonify(message='S3へのアップロードでエラーが発生しました'), 500
        return redirect(url_for('index'))

response = s3.put_object(
    Body = io.BufferedReader(uploaded_file).read()
    ~~~

上記の部分でアップロードファイルをキャストしています。
これにより以下のコードで得られるファイルオブジェクトと同じ型で扱えます。

file = open('local/path/file.txt', 'rb')