Gitで管理しているファイルを暗号化しておきたい場合があるが,
git diffしてももちろん以下のように中身は出力されない.

$ git diff
Binary files a/foo.gpg and b/foo.gpg differ

中身を見たいのであれば, 以下のように設定が必要.
例として, ここでは, GnuPGを使う.

まず, 以下のように, 復号化するフィルタを設定する. ¹

$ git config --global diff.gpg.textconv 'gpg -o-'

そうすると, ~/.gitconfigに以下のような行が追加されている.

~/.gitconfig

[diff "gpg"]
textconv = gpg -o-

このフィルタを*.gpgに適用したい場合は, .gitattributesに以下の行を追加する.

.gitattributes

*.gpg diff=gpg

以上の設定をした上で, git diffをすると, *.gpgのファイルに変更があるときに限り,
以下のように2回パスフレーズの入力を求められる. ²

$ git diff
Enter passphrase:
Enter passphrase:

パスフレーズを入力すると, 復号化され, git diffで見ることができる.

git grepも--textconvオプションを付けると, パスフレーズの入力を求められ, 見ることができる.

$ git grep --textconv WORD
Enter passphrase:

参考

暗号化したファイルをgit diffする