外枠だけの変更でよければ、
var paper = Rapahel('container', 300, 300);
な場合、以下のようにすればいいようです。SVG の時と VML の時で処理を分けます。
var w = 500
, h = 500
, $paperChild = $('#container').children().attr({ width: w, height: h })
;
if (Raphael.type === 'SVG') {
$paperChild.attr('viewBox', [0, 0, w, h].join(' '));
} else {
$paperChild.css('overflow', 'visible');
}
内容も一緒にスケールする方法は、以下のリンクで議論されています。
javascript - Scaling SVG (Raphael.js) like an SWF - Stack Overflow