SBT の sbteclipse プラグインを使って Eclipse 用のファイルを出力します。
まず PROJECT_DIR/project/plugins.sbt
に以下を書きます。なければ作ります。
project/plugins.sbt
addSbtPlugin("com.typesafe.sbteclipse" % "sbteclipse-plugin" % "2.1.2")
そして
sbt eclipse
これで Eclipse で Import -> Existing Projects into Workspace できるようになります。