npm init すると、質問に答えるだけで package.json を作ることができます。node_modules に入っているパッケージを dependencies に勝手に入れてくれたりも。
また、後でパッケージを追加するときに、入れてみないと最新のバージョンがわからない時があります。
$ npm install foo -save
or
$ npm install foo -S
とすると、インストールしつつ、そのバージョンで package.json の dependencies に書き足してくれて便利です。
$ npm install foo -save-dev
or
$ npm install foo -D
とすると、devDependencies に書き足してくれます。テストライブラリなど開発中にしか使わないものに使います。