Xcode5.1から64bit向けのビルドもデフォルトで行うようになったらしいです。
あるプロジェクトで組み込んでいるライブラリの関係上32bitのみでビルドしたかったのですが、上記の内容が関係してXcode5.1にしたとたんエラーになってしまいました。
解決方法は「Build Settings」→「Architecture」に$(ARCHS_STANDARD_32_BIT)を追加し、もともと入力されている$(ARCHS_STANDARD)を削除することです。
この$(ARCHS_STANDARD)の示す値がXcode5.0までだと64bit(arm64)が入っていない、ということですかね。