macOSX 10.9限定
経緯
コメント欄の下まで熟読のこと。
リンク（A）
[Q&A] apple純正のsh,zsh,bash用のダメダメなパスはどのファイルに記載ありますか？ - Qiita
https://qiita.com/shiro_yone/questions/3e4fcb26e18e44762446
問題 mac版/usr/libexec/path_helperがシステム設定を異常動作に導く
$ /usr/libexec/path_helper -s
PATH="/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:/usr/local/stow/ruby/bin:/usr/local/stow/gettext-021/bin:/Users/xxxxxxx/bin"; export PATH;
MANPATH="/usr/share/man:/usr/local/share/man"; export MANPATH;
~ $ echo $PATH
/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:/usr/local/stow/ruby/bin:/usr/local/stow/gettext-021/bin:/Users/xxxxxxx/bin
~ $ vim
/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:/usr/local/stow/ruby/bin:/usr/local/stow/gettext-021/bin:/Users/xxxxxxx/bin
Press ENTER or type command to continue
~ $ zsh --version
zsh 5.8 (x86_64-apple-darwin13.4.0)
上記の質問で書いた、vimとzshのパスの不一致は無くなった。
path_helper周辺が怪しいのは明確になった。
筆者の勉強不足で /usr/libexec/path_helper -s の出力先ファイルが存在するか分かってない。path設定は .zshenv で
export PATH=/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:~/bin
export PATH=/usr/local/stow/gettext-021/bin:$PATH
export PATH=/usr/local/stow/ruby/bin:$PATH
暫定的解決方法
MacOSXが10.9なので/usr/libexec/path_helper chmod 644とし、実行権限を外した。
この方法は推奨されない。
以下の通り、期待する結果となった。
~ $ echo $PATH
/usr/local/stow/ruby/bin:/usr/local/stow/gettext-021/bin:/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:/Users/xxxxxxx/bin
~ $ vim
/usr/local/stow/ruby/bin:/usr/local/stow/gettext-021/bin:/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:/Users/xxxxxxx/bin
Press ENTER or type command to continue
推測される問題の箇所
候補１
/usr/libexec/path_helper周辺。
なお、筆者は /etc/paths のファイルを書き換えている。
/etc $ more paths
/usr/local/bin
/usr/bin
/bin
/usr/sbin
/sbin
/etc $
候補２
vim は /usr/libexec/path_helper （-s or -c） を実行しているだけかもしれない。
linux関係では問題が起きてないであろうから、Mac版だけで問題発生と思われる。
新たな問題点
Linuxでは使えるらしい unsetopt GLOBAL_RCS と /usr/libexec/path_helper を
.zshenv で読み込んでも上記の問題が発生する。
根本的かつ、根の深い重大問題である。
# ignore /etc/zprofile, /etc/zshrc, /etc/zlogin, and /etc/zlogout
# ref. http://zsh.sourceforge.net/Doc/Release/Files.html
# ref. http://zsh.sourceforge.net/Doc/Release/Options.html#index-GLOBALRCS
unsetopt GLOBAL_RCS
# copied from /etc/zprofile
# system-wide environment settings for zsh(1)
if [ -x /usr/libexec/path_helper ]; then
eval `/usr/libexec/path_helper -s`
fi
$ cd /etc/paths.d
paths.d $ la
total 0
drwxr-xr-x 2 root wheel 68B 8 25 2013 .
drwxr-xr-x 101 root wheel 3.4K 8 18 09:31 ..
paths.d $
いじった覚えがないので怖い。
新たな問題点２
unsetopt GLOBAL_RCS を .zshenv の最初に行い
eval /usr/libexec/path_helper -s
はコメントアウトするとリンク（A）に記載したzsh (期待した正常値)とvim (期待しない異常値)でパスの不一致が再現する。
所感
zshは便利だがmacの場合、sshやtmux screen vim cron等々で複合した環境で耐えられなさそうだ。
こんなつまんないAppleのバグで皆、Linux環境をインストしているかもしれない。
path_helperについて。Mac OSX 版 - それマグで！
https://takuya-1st.hatenablog.jp/entry/2013/12/14/040814
ここでは path_helper は擁護されているが私は疑問に思う。
/etc/profile 又は /etc/zshenvを読んだ直後のPATH値はMacであれば
「/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin」
が望ましいと推測。
2020-08-29追跡調査
/etc/zshenv内部でパスをクリアしてみた。
/etc $ /usr/libexec/path_helper
PATH="/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:/usr/local/stow/ruby/bin:/usr/local/stow/gettext-021/bin:/Users/xxxxxxx/bin"; export PATH;
MANPATH="/usr/share/man:/usr/local/share/man"; export MANPATH;
/etc $
/etc $ cat zshenv
# system-wide environment settings for zsh(1)
if [ -x /usr/libexec/path_helper ]; then
eval `/usr/libexec/path_helper -s`
PATH="" （＜ーこれを追記した）
fi
~ $ echo $PATH
/usr/local/stow/ruby/bin:/usr/local/stow/gettext-021/bin:/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:/Users/xxxxxxxx/bin
~ $ vim
Press ENTER or type command to continue
vimからの:!echo $PATHはクリアされた。
vimはmac用内部コードで、zshシェルに対応する /etc/zshenv を読み込むと思われる。（調べてないけどbashは profile？）
Mac版 path_helper が生成する問題パスが明らかになった。
よって、少なくともzsh＋vim環境では２つの対策のうちどちらかを行う必要がある。
(1) /etc/zshenv 内部を書き換える
(2) path_helper の実行権限を外す
2020-08-29、今日の時点では(2)のほうがいいと思われる。
bash環境は path_helper が問題パスをどこで正常値にリカバリーしているのか不明。
誰か教えて下さい。
追記
macにおいて、sshやtmux screen vim cron等で読み込むPATHが理想と仕様がどうあるべきか？
(1)/etc側だけで用意するPATH
(2)ユーザーで用意するPATH （ユーザー追加分と /usr/local/bin ）
(A) (1)だけ
(B) (1)次に(2)。(1)を優先。
元々のAppleが用意した/usr/local/binが優先されない /etc/paths はこれ。
(C) (1)をクリアして(2)だけ。(2)を優先。
zshだけでsshやtmux screen vim cron等を使わないならこれで問題ない。
(D) (1)と(2)を読むが(2)を優先。
優先とはPATH変数の先頭側に記述する、ということ。
vimはユーザーが自由に使う為、(D) が理想と思われる。
参考リンク
Mac OSX El Capitan での ~/.zshenv の扱いについて - Qiita
https://qiita.com/t-takaai/items/8574ff312f2caa5177c2
zsh で path にディレクトリを追加するときは (N-/) を付けよう - Qiita
https://qiita.com/mollifier/items/42ae46ff4140251290a7
.zshenv で PATH を管理したら罠にハマった - 大学生からの Web 開発
https://karur4n.hatenablog.com/entry/2016/01/18/100000
テキスト処理のための標準的なコマンド群の macOS への導入手順 - Qiita
https://qiita.com/eumesy/items/3bb39fc783c8d4863c5f#1-%E3%82%B7%E3%82%A7%E3%83%AB%E3%81%AE%E8%A8%AD%E5%AE%9A%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB%E3%81%AE%E8%AA%BF%E6%95%B4
osx zsh+crontab+rbenvでの/usr/libexec/path_helperパス変更問題 - Qiita
https://qiita.com/github0013@github/items/c910ebb47d9be0a45282
PATH設定がどこにあるか分からないときに見るべきファイル - Qiita
https://qiita.com/gm_kou/items/24dec9f0e51b9343651b
以上