ssh -T git@github.comを実行した際に，You've successfully authenticatedと表示されているのが前提です
原因
~/.gitconfigに[user]項目以外の項目（[url "github:"]）が含まれていた
解決策
~/.gitconfigから[url "github:"]や[url "git@github.com:"]の項目を削除する（全体を削除しなくても.insteadofの項目を除くだけでも良いと思います）
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