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Ubuntu 16.04にAvogadro1.2.0をインストールする

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はじめに

分子モデリングライブラリのAvogadroをUbuntuにインストールするのに苦労したので、メモを残しておきます。

バージョンは以下の通り:

Ubuntu 16.04

Avogadro 1.2.0

python 3.6.1


事前インストールが必要なもの

ドキュメントにはこう書いてあります。

-- CMake 2.8.9 or later (2.8.11 recommended)

-- Qt 4.6.0 or later (4.8.5 recommended)

-- OpenBabel 2.3.x or later (development version from

http://github.org/openbabel/openbabel is recommended)

-- Eigen 2.0.x or later (3.x also supported)

CMakeはインストール済みでしたが、他の要件が満たされていませんでした。


Qt

GUIアプリケーションの補助ツールらしいです。

公式ドキュメントに従って進めます。

(1) https://download.qt.io/archive/qt/4.8/4.8.5/ でqt-everywhere-opensource-src-4.8.5.tar.gz をダウンロード

(2) 展開してインストール

makeの後に-j4オプションをつけると、4コアでコンパイルを行います。

中にはコンパイルに時間のかかるソフトもあるので、使うと便利です。

$ tar zxf qt-everywhere-opensource-src-4.8.5.tar.gz

$ cd /tmp/qt-everywhere-opensource-src-4.8.5
$ ./configure
$ make -j4
$ sudo make install

(3) 環境変数の設定

~/.profileに以下を追加します。

PATH=/usr/local/Trolltech/Qt-4.8.5/bin:$PATH

export PATH

~/.loginに以下を追加します。

setenv PATH /usr/local/Trolltech/Qt-4.8.5/bin:$PATH

環境変数を変更したあとは再ログインが必要です。

最後に、私の環境ではqt5-defaultが入っていて4.8.5が読み込まれなかったので、

$ sudo apt install qt4-default

をしました。

これでQtは完了です。


OpenBabel

化合物ファイルのフォーマットを変換するツールです。

https://sourceforge.net/projects/openbabel/files/ からファイルをダウンロードします。

あとはこれだけです。

$ tar zxf openbabel-2.4.1.tar.gz

$ cd openbabel-2.4.1
$ mkdir build
$ cd build
$ cmake ../
$ make -j4
$ sudo make install


Eigen

行列演算のツールです。

http://eigen.tuxfamily.org/index.php?title=Main_Page 

から3.2.10をダウンロードします。公式ドキュメントには"3.x also supported"とありましたが、3.2より新しいファイルだとAvogadroのコンパイルがうまくいきませんでした。

先ほどと同じ手続きです。

$ tar zxf eigen-eigen-b9cd8366d4e8.tar.gz

$ cd eigen-eigen-b9cd8366d4e8/
4 mkdir build
$ cd build
$ cmake ../
$ make -j4
$ sudo make install


Avogadroインストール

(1) https://sourceforge.net/projects/avogadro/files/latest/download

から1.2.0をダウンロード

(2)展開

$ tar zxf Avogadro-1.2.0.tar.gz

(3) python2の一部修正(なくても大丈夫?)

avogadro-1.2.0/cmake/modulesのFindNumpy.cmakeとFindSIP.cmakeがpython2なので、SyntaxErroを避けるためにprintに()をつけておきましょう。

(4) インストール

$ mkdir build

$ cd build
$ cmake ../
$ make -j4
$ sudo make install

GUIが起動できたら成功です。