はじめに
分子モデリングライブラリのAvogadroをUbuntuにインストールするのに苦労したので、メモを残しておきます。
バージョンは以下の通り:
Ubuntu 16.04
Avogadro 1.2.0
python 3.6.1
事前インストールが必要なもの
ドキュメントにはこう書いてあります。
-- CMake 2.8.9 or later (2.8.11 recommended)
-- Qt 4.6.0 or later (4.8.5 recommended)
-- OpenBabel 2.3.x or later (development version from
http://github.org/openbabel/openbabel is recommended)
-- Eigen 2.0.x or later (3.x also supported)
CMakeはインストール済みでしたが、他の要件が満たされていませんでした。
Qt
GUIアプリケーションの補助ツールらしいです。
公式ドキュメントに従って進めます。
(1) https://download.qt.io/archive/qt/4.8/4.8.5/ でqt-everywhere-opensource-src-4.8.5.tar.gz をダウンロード
(2) 展開してインストール
makeの後に-j4オプションをつけると、4コアでコンパイルを行います。
中にはコンパイルに時間のかかるソフトもあるので、使うと便利です。
$ tar zxf qt-everywhere-opensource-src-4.8.5.tar.gz
$ cd /tmp/qt-everywhere-opensource-src-4.8.5
$ ./configure
$ make -j4
$ sudo make install
(3) 環境変数の設定
~/.profileに以下を追加します。
PATH=/usr/local/Trolltech/Qt-4.8.5/bin:$PATH
export PATH
~/.loginに以下を追加します。
setenv PATH /usr/local/Trolltech/Qt-4.8.5/bin:$PATH
環境変数を変更したあとは再ログインが必要です。
最後に、私の環境ではqt5-defaultが入っていて4.8.5が読み込まれなかったので、
$ sudo apt install qt4-default
をしました。
これでQtは完了です。
OpenBabel
化合物ファイルのフォーマットを変換するツールです。
https://sourceforge.net/projects/openbabel/files/ からファイルをダウンロードします。
あとはこれだけです。
$ tar zxf openbabel-2.4.1.tar.gz
$ cd openbabel-2.4.1
$ mkdir build
$ cd build
$ cmake ../
$ make -j4
$ sudo make install
Eigen
行列演算のツールです。
http://eigen.tuxfamily.org/index.php?title=Main_Page
から3.2.10をダウンロードします。公式ドキュメントには"3.x also supported"とありましたが、3.2より新しいファイルだとAvogadroのコンパイルがうまくいきませんでした。
先ほどと同じ手続きです。
$ tar zxf eigen-eigen-b9cd8366d4e8.tar.gz
$ cd eigen-eigen-b9cd8366d4e8/
4 mkdir build
$ cd build
$ cmake ../
$ make -j4
$ sudo make install
Avogadroインストール
(1) https://sourceforge.net/projects/avogadro/files/latest/download
から1.2.0をダウンロード
(2)展開
$ tar zxf Avogadro-1.2.0.tar.gz
(3) python2の一部修正(なくても大丈夫？)
avogadro-1.2.0/cmake/modulesのFindNumpy.cmakeとFindSIP.cmakeがpython2なので、SyntaxErroを避けるためにprintに()をつけておきましょう。
(4) インストール
$ mkdir build
$ cd build
$ cmake ../
$ make -j4
$ sudo make install
GUIが起動できたら成功です。