Eclipse（4.3.1）の Tomcat プロジェクトのプロパティの中に
「ターゲット・ランタイム」という項目がありますが、
「新規登録」はあるのにも関わらず、どういうわけか「削除」がありません。
試しに登録してみただけなのに、ゴミが残ってしまうってのは困ります。
いろいろやってみた結果、手動で消せたので備忘録として残します。
・対象ファイル
[ワークスペースのroot]\.metadata\.plugins\org.eclipse.core.runtime\.settings\org.eclipse.wst.server.core.prefs
の中から、削除したい runtime 要素を探して消すだけです。
（もっとスマートな方法はないんだろうか・・・）