まずは dpkg --audit で問題を確認する。
その後、それらのパッケージを強制的にアンインストールした後で再インストールする
sudo dpkg -P --force-depends パッケージ名
（ただ、パッケージや依存関係が壊れてたりすると、消えてくれないことがあるっぽい。
–force-remove-reinstreq オプションをつけると消えてくれた。）
と実行してアンインストールした後、
sudo apt-get install パッケージ名
で再インストール
sudo dpkg --audit
と実行して何も表示されなくなれば問題は解決のはずです。