PhpStorm EAP 130.1481 で Vagrant 対応を試してみました。
http://blog.jetbrains.com/phpstorm/2013/08/phpstorm-7-0-eap-130-1481/
vagrant コマンドのラッパーで、VMの起動、終了( up / reload / suspend / halt / destory )ができます。
「Init in Project Root」( vagrant init のラッパー)で Vagrantfile が作れます。 ただ選択した box ファイル名にプロバイダー名が含まれているcentos64(virtualbox)
ので、そのままでは起動できませんでした。
config.vm.box = "centos64_ja (virtualbox)"
プロバイダー名を除けば、起動できます。
config.vm.box = "centos64_ja"
下記の issue から実装されたようなので、VM の起動、終了を IDE からできるようにした機能のようです。
http://youtrack.jetbrains.com/issue/WI-15874