VSCodeのバージョンが1.51時点での解決法です。バージョンによって解決法が異なるようで、情報がすぐ古くなる可能性があります。ご注意ください。
結論から言うと、インタプリタの指定をしましょう。
Moduleのインポートに失敗する
左下のPythonの指定はbrewでインストールしたpython3.9です。aws関連のcli入れるとどうしても入ってしまって、指定されてしまっているようです。
インタプリタの指定
pipenvのvirtualenv環境のpythonを指定する必要があります。まずは、virtualenv環境のPathを確認します。
$ pipenv --venv
/Users/xxx/.local/share/virtualenvs/xxxx
左下のPythonのバージョン表記部分をクリックしてインタプリタの指定を行います。
おわりに
普段はWebアプリケーションの環境でDockerを使っています。Docker環境はまだプレビューですが、Remote - Containersの拡張を使って開発しています。かなり便利で気に入っています
今回の場合は扱うファイルサイズが大きいため、Pipenvの環境で開発を行いました。npmに慣れているので非常に使いやすいです。