Rのメジャーアップデートに伴うライブラリ再インストール

目的

プロジェクトのキリの良いところでRのバージョンを3.5.2から最新版(4.2)へのアップデートを試みた．
メジャーアップデートをするとライブラリを再度インストールする必要があるため，
次回のメジャーアップデートに備えて今回の記録を残しておく．

概要

Bioconductorをインストール
前バージョンのライブラリ名の配列を取得
上記ライブラリ群のインストールをCRAN→Bioconductor→devtoolsの順に試す

環境

iMac Pro (2017)
MacOS Big Sur 11.6.5

Rのインストール

https://cran.r-project.org/bin/macosx/
より4.2.0をダウンロード開始．しかしダウンロードが遅すぎたのでミラーサイト
https://cran.ism.ac.jp
からpkgファイルをダウンロードし，インストール

XQuarts

バージョンを確認したところ最新版であったため，再インストールなどは行わず

Bioconductorのインストール

Rを起動し，バージョンが4.2であることを確認．
Bioconductorのウェブサイトの記載通りにインストール
https://www.bioconductor.org/install/

if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(version = "3.15")

ライブラリのアップデート

CRAN経由

3.5.2にインストールされている全ライブラリ名を参照し，install.packages()でまるごとインストールを試みる．

libnames35 <- list.files(path = "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/library")
install.packages(libnames35)

Bioconductor経由

install.packages()で入らなかったライブラリをBiocManager::install()でインストールを試みる．

libnames42 <- list.files(path = "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.2/Resources/library")
not.installed <- setdiff(libnames35, libnames42)
BiocManager::install(not.installed)

devtools経由

BiocManager::install()でもインストールされなかったライブラリを再び確認し，必要なもののみdevtools::install_github()で入れる．

libnames42 <- list.files(path = "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.2/Resources/library")
not.installed <- setdiff(libnames35, libnames42)
not.installed

[1] "BiocInstaller" "DNB"           "garnett"       "ggbiplot"      "monocle3"      "pforeach"      "SDMTools"

library("devtools")
devtools::install_github("vqv/ggbiplot")
devtools::install_github('cole-trapnell-lab/leidenbase')
devtools::install_github("cole-trapnell-lab/garnett")
devtools::install_github('cole-trapnell-lab/monocle3')
# package ‘batchelor’ is not available for this version of Rというエラーが出たのでインストール
BiocManager::install("batchelor")
devtools::install_github('cole-trapnell-lab/monocle3')
devtools::install_github("hoxo-m/pforeach")