docker-composeのバージョンが古かったため、docker-compose upがエラーになってしまいました。
その際の対応をまとめていきます。

起こったエラー

ERROR: Version in "./docker-compose.yml" is unsupported. You might be seeing this error because you're using the wrong Compose file version. Either specify a supported version ("2.0", "2.1", "3.0") and place your service definitions under the `services` key, or omit the `version` key and place your service definitions at the root of the file to use version 1.
For more on the Compose file format versions, see https://docs.docker.com/compose/compose-file/

やったこと

$ rm $(which docker-compose)
$ curl -L https://github.com/docker/compose/releases/download/1.25.4/docker-compose-`uname -s`-`uname -m` > /usr/local/bin/docker-compose
$ chmod +x /usr/local/bin/docker-compose

まとめ

本来であれば、macの場合Docker for Macをインストールしたらdocker-composeが使えるのですが、他のバージョンを入れてしまったために起こったようです。

参照

https://stackoverflow.com/questions/30988566/how-do-i-uninstall-docker-compose
http://docs.docker.jp/compose/install.html