IntelliJでGradleとVCSを使うときに以下の構成に当てはまると起こる問題です。
- Gradleの構成がフラットなスタイルのマルチプロジェクトであること
- VCSにGitもしくはMercurialを使っていること
フラットなスタイルについては前に投稿したGradleでマルチプロジェクトをご覧下さい。
この構成にしていると各モジュールをリポジトリのルートディレクトリとして扱うらしく、
変更したファイルの検出やAnnotateでコマンドの実行に失敗したりします。
この困った状況を解消するために、以下の手順でリポジトリのルートディレクトリを設定します。
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Settings->Version Controlを開く -
Directory欄が<Project>のVCS欄を<none>にする -
+ボタンでDirectory欄にリポジトリのルートディレクトリを追加して、VCS欄をGitもしくはMercurialの使っている方を設定する
以上の設定でVCSの機能が正しく動くようになります。