やりたいこと

data.txtの中のスペースをカンマに変えたい。
使うファイルの中身は以下の通り。
元データdata.txt内のスペースを改行に置換してdata1.txtとして保存。

Terminal

% head data.txt
cg03606258 cg25268451 cg27027803 cg00862290 cg25211252 cg00830029 cg05194726 cg09147827 cg10025865 cg01860753 cg02589695 cg08705994 cg13461622 cg08108641 cg09059635 cg08649013 cg26409237 cg13059335 cg14143055 cg07805833 cg17102807 cg04298323 cg19635695 cg03330516 cg22442730 cg15619794 cg26081812 cg03498559 cg04276232 cg22213042 cg24060938 cg04691540 cg18433086 cg13842648 cg24585690 cg11554507 cg26312920 cg02381948 cg19706602 cg01253545 cg11672225 cg00226904 cg20837735 cg22807823 cg27305895 cg09772827 cg27561006 cg07807709 cg08934443 cg03606258 cg24816298 cg13181019 cg06771126 cg00862290 cg18345369 cg10087081 cg19403023 cg27497781 cg26922202 cg10431340%

置換は以下の通り。
※sedコマンドでの改行への置換は^Mの挿入となってしまうため使わずにperlを使いました。

Terminal

% cat data.txt | perl -pe 's/ /\n/g' > data1.txt
% cat data1.txt 
cg03606258
cg25268451
cg27027803
cg00862290
cg25211252
cg00830029
cg05194726
cg09147827
cg10025865
cg01860753
cg02589695
cg08705994
cg13461622
cg08108641
cg09059635
cg08649013
cg26409237
cg13059335
cg14143055
cg07805833
cg17102807
cg04298323
cg19635695
cg03330516
cg22442730
cg15619794
cg26081812
cg03498559
cg04276232
cg22213042
cg24060938
cg04691540
cg18433086
cg13842648
cg24585690
cg11554507
cg26312920
cg02381948
cg19706602
cg01253545
cg11672225
cg00226904
cg20837735
cg22807823
cg27305895
cg09772827
cg27561006
cg07807709
cg08934443
cg03606258
cg24816298
cg13181019
cg06771126
cg00862290
cg18345369
cg10087081
cg19403023
cg27497781
cg26922202
cg10431340%

※元ファイルの最終行にはスペースがなかったため、置換後も改行は入っていない。
wc -l コマンドで行数を数える時は、実際の行数よりも1行少なくなるので要注意。

スペース→カンマへ置換

スペースをカンマに変えたい時は以下の通り。
元データdata.txt内のスペースをカンマに置換してdata2.txtとして保存。

Terminal

% head data.txt
cg03606258 cg25268451 cg27027803 cg00862290 cg25211252 cg00830029 cg05194726 cg09147827 cg10025865 cg01860753 cg02589695 cg08705994 cg13461622 cg08108641 cg09059635 cg08649013 cg26409237 cg13059335 cg14143055 cg07805833 cg17102807 cg04298323 cg19635695 cg03330516 cg22442730 cg15619794 cg26081812 cg03498559 cg04276232 cg22213042 cg24060938 cg04691540 cg18433086 cg13842648 cg24585690 cg11554507 cg26312920 cg02381948 cg19706602 cg01253545 cg11672225 cg00226904 cg20837735 cg22807823 cg27305895 cg09772827 cg27561006 cg07807709 cg08934443 cg03606258 cg24816298 cg13181019 cg06771126 cg00862290 cg18345369 cg10087081 cg19403023 cg27497781 cg26922202 cg10431340%
% cat data.txt | sed 's/ /,/g' > data2.txt
% more data2.txt 
cg03606258,cg25268451,cg27027803,cg00862290,cg25211252,cg00830029,cg05194726,cg09147827,cg10025865,cg01860753,cg02589695,cg08705994,cg13461622,cg08108641,cg09059635,cg08649013,cg26409237,cg13059335,cg14143055,cg07805833,cg17102807,cg04298323,cg19635695,cg03330516,cg22442730,cg15619794,cg26081812,cg03498559,cg04276232,cg22213042,cg24060938,cg04691540,cg18433086,cg13842648,cg24585690,cg11554507,cg26312920,cg02381948,cg19706602,cg01253545,cg11672225,cg00226904,cg20837735,cg22807823,cg27305895,cg09772827,cg27561006,cg07807709,cg08934443,cg03606258,cg24816298,cg13181019,cg06771126,cg00862290,cg18345369,cg10087081,cg19403023,cg27497781,cg26922202,cg10431340
data2.txt (END)

以上です。