方法

$ python manage.py changepassword <ユーザ名>

$ sqlite3 db.sqlite3
$ sqlite> select username from auth_user;
$ <ユーザ名一覧が表示される>
$ sqlite> .q

ユーザ名を取得した後は下記コマンドで再設定できます。

$ python manage.py changepassword <ユーザ名>

私はadminのパスワードで実施しましたが、admin以外のユーザも同じ方法で再設定できそうな気がします。