dic = {
  "key1": array([1,2,3]),
  "key2": array([4,5,6]),
  "key3": array([7,8,9]),
}

のような辞書型オブジェクトは、

np.savez("numpy_key_value", **dic)

もしくは

np.savez_compressed("numpy_key_value", **dic)

で保存すると

loaded = np.load("numpy_key_value.npz")
print(loaded["key1"]) #=> array([1,2,3])

というように扱えます

(詳しく検証してはいませんが、pickle.dumpよりサイズが小さくなるというようなことは無さそうだったので、サイズを気にする場合は対象データで比較することをおすすめします)