コンテナ内で3000ポートを使用するジョブが1つのEC2インスタンス内に複数存在すると, Error: listen EADDRINUSE :::3000エラーになる問題でハマりました。
サポートに問い合わせたところ、Batchではdocker runのオプションとして--network="host"を固定で設定しているおり、コンテナ内でLISTENするポートはホストでもLISTENされるため、EADDRINUSEエラーになるとの回答でした。
現時点では--network="host"を手動で設定することはできないため、EADDRINUSEになったら別のポートでリトライするという実装にして問題を回避することにしました。