以下のようなjsonが複数あり、順番に生成される状況であったとする。
この状況下で以下を行いたい

indexを取得する
index以外を抜き出す
jsonファイルを新しく作る
indexをキーにして１つのjsonファイルにする。（test1.json,test2.json...testn.json --> test.json）

jsonファイル

test1.json

{
  "test": {
    "index":1
    "testtest": [
      123,
      456
    ]
  }
}

test2.json

{
  "test": {
    "index":2
    "testtest": [
      789,
      012
    ]
  }
}

indexを取得する

$ jq .test.index test1.json
1

index以外を抜き出す

$ jq 'del(.test.index)' test1.json
{
  "test": {
    "testtest": [
      123,
      456
    ]
  }
}

jsonファイルを新しく作る

$ echo {} | jq . > file.json
$ jq . file.json 
{}

indexをキーにして１つのjsonファイルにする。（test1.json,test2.json...testn.json --> test.json）

do.sh

OUTPUTJSON="output.json"
echo {} | jq . > ${OUTPUTJSON}
# loop N
LOOP_MAX=2
for N in `seq 1 ${LOOP_MAX}`; do
    # get index
    INDEX=`jq .test.index test${N}.json`
    # get json without index
    TESTJSON_WITHOUT_INDEX=`jq 'del(.test.index)' test${N}.json`
    # update ${OUTPUTJSON}
    jq ".index${N} = ${TESTJSON_WITHOUT_INDEX}" ${OUTPUTJSON} > tmp && mv tmp ${OUTPUTJSON}
done
jq . ${OUTPUTJSON}

$ bash do.sh
{
  "index1": {
    "test": {
      "testtest": [
        123,
        456
      ]
    }
  },
  "index2": {
    "test": {
      "testtest": [
        789,
        12
      ]
    }
  }
}

キーの概念と微妙に異なる部分があるかもしれないが、やりたい事はできている。

参考

jq コマンドで新規JSONファイルを生成するには
 jq で複数の JSON ファイルを結合して書き出す
 jqコマンド(jsonデータの加工, 整形)の使い方

複数あるjsonファイルを１つのjsonファイルにしたい

参考