Q. 同一ドメインで複数サイトを運営する場合のGAのプロパティは分けるべきか？

A. わけない方が良さそう

• サイト間移動は内部リンク扱いとなりリファラを取らない（ただしサブドメイン間移動はGAでは外部リンク扱い）
• プロパティ（トラッキングID）を分けると行動フローが取れなくなる
• よって、サイトAからサイトBにどういう経路で移動したかが一切見えなくなる

対処法

プロパティを統合してビューで分割

ディレクトリでサイトを分けているのであればディレクトリ追加・除外の設定が可能
https://idotdesign.net/blog/marketing/analytics/ga-usage/

プロパティを統合したくない場合

以下の様な方法もある
https://www.ja.advertisercommunity.com/t5/%E3%82%A2%E3%83%8A%E3%83%AA%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%AF%E3%82%B9%E8%A8%AD%E5%AE%9A/%E3%83%89%E3%83%A1%E3%82%A4%E3%83%B3%E5%86%85%E3%81%A7%E8%A4%87%E6%95%B0%E3%82%B5%E3%82%A4%E3%83%88%E3%81%8C%E6%9C%89%E3%82%8B%E5%A0%B4%E5%90%88%E3%81%AE%E8%A8%88%E6%B8%AC%E3%81%AB%E3%81%A4%E3%81%84%E3%81%A6/td-p/12469