標準入力で受けたデータをRで加工して標準出力へ渡す

データを加工するスクリプトを作ってLinuxのパイプ処理にはさみたいときの話。

標準入力

スクリプトファイルを実行する場合cat hoge.R | R --no-saveのように標準入力を当てることが多い。Rscriptとstdinを使えば標準入力をデータ入力に回せる。

標準出力

stdout()を使えばよい。

例

input.csv

col1,col2,col3
3957,2397,1802
3408,4834,2983
4798,3759,7683
3485,7398,4739

とりあえず正規化してみるスクリプトを噛ます。

process.R

input <- read.csv('stdin')

scaled <- data.frame(cbind(
 scale(input $col1),
 scale(input $col2),
 scale(input $col3)
))

colnames(scaled)<-colnames(input)
write.csv(scaled, stdout())

$ cat input.csv | Rscript process.R 
"","col1","col2","col3"
"1",0.0704684855275962,-1.03924712121725,-0.977681667393651
"2",-0.789247037909078,0.111955258058404,-0.515778657415892
"3",1.38744618172112,-0.395858676172752,1.32244669981989
"4",-0.668667629339635,1.3231505393316,0.171013624989648