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NCBIからゲノムをrsyncでダウンロードする

bioinformatics

Last updated at 2022-01-01Posted at 2021-12-30

#NCBIサーバーにあるゲノムのダウンロード
##ダウンロードしたい生物種のアドレスを確認
アドレスはここで検索
例えば大西洋クロマグロ(Thunnus thynnus)であれば、上のリンクからvertebrate_otherのディレクトリに進み、Thunnus thynnusをクリックする。そこからダウンロードしたい適当なファイルを見つけて

rsync --copy-links --recursive --times --verbose rsync://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/genbank/vertebrate_other/Thunnus_thynnus/representative/GCA_003231725.1_GBYP_Tthy_1.0/GCA_003231725.1_GBYP_Tthy_1.0_genomic.gbff.gz ./

と入力。最後の ./ はダウンロードファイルを配置する任意のディレクトリを指定する。
ファイルを解凍する場合は

gunzip hogehoge.gbff.gz

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