[Biopython] 細菌ゲノムのGC skewを描画する

GC skewとは

GC skewとは、ゲノムDNA上のグアニン(G)とシトシン(C)含量の偏りのこと。
GC skew = (G - C)/(G + C)
GC skew (下図青線)の累積 (cumulative GC skew; 下図橙線) は、複製開始点から終結点にかけてだんだん上がっていく/下がっていく(計算する鎖がリーデイング鎖かラギング鎖かによる)。Cumulative GC skewの変曲点 (下図赤線) が複製起点または終点に対応することが多い。

plot_skew.py

Generate dinucleotide skew plot(s) of FASTA format DNA sequences in SVG format. Plots are saved separately for each entry in a multifasta file

Requirements

• Biopython
• pandas
• Matplotlib

Usage

$ ./plot_skew.py
usage: plot_skew.py [-h] -i INPUT [-n NT] [-w WINDOW] [-s STEP]

Generate dinucleotide skew plot(s) of FASTA format DNA sequences in SVG format. Plots are saved separately for each entry in a multifasta file

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -i INPUT, --input INPUT
                        Fasta (required)
  -n NT, --nt NT        dinucleotide (default: GC).
  -w WINDOW, --window WINDOW
                        window size (default: 1000)
  -s STEP, --step STEP  step size (default: 100)

Example: Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655, complete genome NC_000913.3

$ ./plot_skew.py NC_000913.3.fasta # (output: NC_000913.3.svg)