[Biopython]BLAST結果をドットプロットとして描画する

動機

ドットプロット (ハープロット)をもっと気軽に描きたい。
BLASTやYASSも便利だが、SVG形式のファイルでアウトプットしたい。

blast2dotplot.py

Requirements

pandas
svgwrite (verified with v. 1.4.3)
Biopython (verified with v. 1.79)

Usage

$ ./blast2dotplot.py
usage: blast2dotplot.py [-h] --input FILE

Draw a dot plot based on a pairwise BLASTN/TBLASTX result

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  --input FILE, --in FILE, -i FILE
                        input BLASTN/TBLASTX result file in XML format (-outfmt 5)

Output example

• 順鎖のヒットを青、逆鎖のヒットをオレンジで表現する
• 今後　output file名を指定可能にする