TypeScriptで欠かせないのが tsconfig.json のチューニングです.
基本的にはオプションを有効/無効にするだけなんですが、 compilerOptions を雑多に書いていくと、目Grepが辛くなってきます.

そこで tsc --init すると自動で生成される tsconfig.json に /* Basic Options* / とかでブロックを分けて各種オプションが書かれてるのを見て明確な分類ができるっぽいと気がついた.

ドキュメントを見る限りは近いものはあるけども、欲しいものと違うので直接 TypeScript のリポジトリを確認したところ見つけました.

/src/compiler/commandLineParser.ts

内部的には category として分けているようです.
あとは自動生成された tsconfig.json の様に書いていけば、ある程度はブロック分けされた書き方ができます.

tsconfig.json

{
  "compilerOptions": {
    /* Basic Options */
    "target": "es2017",
    "module": "commonjs",
    "lib": ["es6", "dom", "esnext"],
    "outDir": "../../dist/functions",
    "sourceMap": true,
    "isolatedModules": true,

    /* Module Resolution Options */
    "baseUrl": ".",

    /* Advanced Options */
    "resolveJsonModule": true
  },
  "compileOnSave": true,
  "exclude": ["node_modules", "**/*.test.ts", "**/*.test.tsx"],
  "extends": "../../tsconfig.base.json",
  "include": ["**/*.ts", "**/*.tsx"]
}