サーバ側

apple-app-site-associationファイル
- ファイルの書き方が正しいか
  - ファイルに.jsonなど拡張子は何もつけない。
  - appIDsキーに関して、<チームID>.<バンドルID>という形式になっているか。
  - apps: []というキー・バリューについて、iOS13以降であれば消していい。iOS12以前もサポートするのであれば、残す必要がある。
  - appIDキーについて、iOS13以降はappIDsキーに変えることもできる。iOS12以前をサポートするならそのままにする。
  - pathsキーについて、iOS13以降はcomponentsキーに変えることもできる。iOS12以前をサポートするならそのままにする。

Supporting Universal Links in Your App

通常はS3などにファイルを置くことになると思われる。
https://dev.classmethod.jp/articles/universal-links/

apple-app-site-association（iOS13以上の例）

{
  "applinks": {
      "details": [
           {
             "appIDs": [ "ABCDE12345.com.example.app", "ABCDE12345.com.example.app2" ],
             "components": [
               {
                  "#": "no_universal_links",
                  "exclude": true,
                  "comment": "Matches any URL whose fragment equals no_universal_links and instructs the system not to open it as a universal link"
               },
               {
                  "/": "/buy/*",
                  "comment": "Matches any URL whose path starts with /buy/"
               },
               {
                  "/": "/help/website/*",
                  "exclude": true,
                  "comment": "Matches any URL whose path starts with /help/website/ and instructs the system not to open it as a universal link"
               },
               {
                  "/": "/help/*",
                  "?": { "articleNumber": "????" },
                  "comment": "Matches any URL whose path starts with /help/ and which has a query item with name 'articleNumber' and a value of exactly 4 characters"
               }
             ]
           }
       ]
   }
}

Support Universal Links

apple-app-site-association（iOS12以下もサポートする例）

{
    "applinks": {
        "apps": [],
        "details": [
            {
                "appID": "9JA89QQLNQ.com.apple.wwdc",
                "paths": [ "/wwdc/news/", "/videos/wwdc/2015/*"]
            },
            {
                "appID": "ABCD1234.com.apple.wwdc",
                "paths": [ "*" ]
            }
        ]
    }
}

content-typeはapplication/jsonか
ファイルの置き場が正しいか。
- apple-app-site-associationをサーバの.well-knownディレクトリの下に配置するようにしなければならない。ルートに直接おくことも以前は認められていたが、今はNG。
優先度の高いアプリのバンドルIDを先に記載しているか。

The order of the dictionaries in the array determines the order the system follows when looking for a match, so you can specify an app to handle a particular part of your website. Because the system evaluates each path in the paths array in the order it is specified—and stops evaluating when a positive or negative match is found—you should specify high priority paths before low priority paths.

ユニバーサルリンクのURLと同じドメインのURLをSafariで開いていないか？

When a user is browsing your website in Safari and they tap a universal link to a URL in the same domain as the current webpage, iOS respects the user’s most likely intent and opens the link in Safari. If the user taps a universal link to a URL in a different domain, iOS opens the link in your app.

(訳)今Safariでウェブページを見ており、ユニバーサルリンクのURLをタップしたが、そのドメインが今見ているウェブページのドメインと同じ場合は、ユーザーの最も意図していそうな振る舞いをするため、そのユニバーサルリンクをSafariで開く。別のドメインのURLをタップした場合は、アプリを起動する。

TestFlight版だと、アプリをインストールしてからapple-app-site-associationがダウンロードされるまでに数十分〜２時間ほどかかるとのこと。
- https://developer.apple.com/forums/thread/108339

その他:
Setting up iOS Universal Links

アプリ側

apple developerのサイトにて、アプリのBundle Identifierの項でCapabilitiesのAssociated Domainsにチェックが入っているかどうか。
Xcode > Targets > Signing & Capabilities にapplinks:<ドメイン名>という形式でドメイン名を記載しているかどうか。
AppDelegateのfunc application(_ application: UIApplication, continue userActivity: NSUserActivity, restorationHandler: @escaping ([UIUserActivityRestoring]?) -> Void) -> Boolにてハンドリング処理を入れているかどうか。
- userActivity.activityType が NSUserActivityTypeBrowsingWeb かどうかのチェックを入れているか。
- アプリ側に渡されるURLはuserActivity.webpageURL内に入っているが、それをハンドリングしているか。

デバッグ

Console.appからファイルがダウンロード開始されたかのログを見ることができる。また、iPhoneでsystem diagnosis ファイルを作成し、実際にダウンロードされたかの結果をPCで見ることもできる。https://www.youtube.com/watch?v=xxyEq_ySoO4

そのほか: https://developer.apple.com/jp/documentation/technotes/tn3155-debugging-universal-links/

参考

Supporting Universal Links in Your App
Support Universal Links
What's new in Universal Links(2020)
What's New in Universal Links(2019)
FlutterアプリをFirebase HostingでDeepLink対応する
 TN3155：ユニバーサルリンクのデバッグ