Manage Version and Build Numberという機能が追加されており、ipaファイル作成時にビルド番号が勝手に採番され、App Store Connectにアップロードする際齟齬が起こらないようにしてくれる。ただ、デフォルトでONになっているので、知らないと、なぜかビルド番号が勝手に変更されていることになり混乱することになる。

参考：

【Xcode 13】アーカイブ後にバージョンとビルド番号を更新できるようになってた
 Apple Xcode13 Release Note

When uploading an app to App Store Connect, the distribution assistant in Xcode detects whether your app has a valid build number (CFBundleVersion). If your app has an invalid number (like one that was used previously, or precedes your current build number), the distribution assistant provides an option to automatically increment it to a valid number. In addition, the distribution assistant ensures that the build numbers of all embedded content in your app (such as app extensions, App Clips, or watchOS apps) are in sync with your app. Note that this doesn’t modify your source code or your archive; Xcode updates the build number in a staged copy of your app before packaging and uploading it to App Store Connect. (59826409)

OFFにするには

手動

以下のManage Version and Build Numberのチェックを外す。

自動

xcodebuildコマンドを使っている場合は、xcodebuild -hに記載がある通りで、export optionsに以下を渡す。
manageAppVersionAndBuildNumber: NO