KATのgithub
https://github.com/TGAC/KAT

事象

https://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2018/05/01/134010
を参考にKATを走らせようとしたところ、以下のエラーを吐く

$ kat --version
kat: error while loading shared libraries: libboost_filesystem.so.1.60.0: cannot open shared object file: No such file or directory

環境

linux minicondaのbase python=3.10.8

予想

katのversionが2023年1月16日現在の最新(v2.4.2)ではない。
またconda (mamba) で入れる際のboostのデフォルトのversionが1.80.0になっている。
このバージョンの差がエラーの原因ではないか

$ mamba install -c bioconda kat

  Package      Version  Build            Channel                    Size
──────────────────────────────────────────────────────────────────────────
  Install:
──────────────────────────────────────────────────────────────────────────

  + boost       1.80.0  py310hc4a4660_4  conda-forge/linux-64     Cached
  + boost-cpp   1.80.0  h75c5d50_0       conda-forge/linux-64     Cached
  + jellyfish    0.9.0  py310h5764c6d_2  conda-forge/linux-64       41kB
  + kat          2.0.8  0                bioconda/linux-64        Cached

Summary:

Install: 4 packages

Total download: 41kB

──────────────────────────────────────────────────────────────────────────

対処1. boost-1.60を入れてみるようとした

python3.10下でboost-1.60.0を入れようとするとpython3.5*が要ると言われた

Could not solve for environment specs
Encountered problems while solving:
  - package boost-1.60.0-py35_3 requires python 3.5*, but none of the providers can be installed

The environment can't be solved, aborting the operation

のでおとなしくpython3.5の仮想環境を作りそこで入れてみる

$ conda create -n py3.5 -y python=3.5
$ conda activate py3.5
$ mamba install -c bioconda kat

boostとboost-cppはv1.64.0、katは2.3.1が入ってきたがとりあえずそのまま続行
やや古いが一応動くっぽい

$ kat --version
kat 2.3.1

対処2. katのバージョンを最新に指定する

python3.10下でkatのv2.4.2を入れようとするとpython3.9*が要ると言われた

$ mamba install -c bioconda kat=2.4.2
Could not solve for environment specs
Encountered problems while solving:
  - package kat-2.4.2-py39h7c5ebd6_3 requires python >=3.9,<3.10.0a0, but none of the providers can be installed

The environment can't be solved, aborting the operation

のでおとなしくpython3.9の環境でやってみる

$ conda activate py3.9   # 以前に作ったもの
$ python --version
Python 3.9.15

$ mamba install -c bioconda kat

boost-cppはv1.74.0が、katは2.4.2 が入ってきた

$ kat --version
kat 2.4.2

無事動くようになったっぽいので動かしてみる

kat hist -t 8 -l 1 -h 10000 -m 27 -v -o output INPUT.fq
less output    

# Title:27-mer spectra for: INPUT.fastq
# XLabel:27-mer frequency
# YLabel:# distinct 27-mers
# Kmer value:27
# Input 1:/home/usr/INPUT.fq
###
1 XXXXXXXXX
2 XXXXXXXX
3 XXXXXXX
4 XXXXXXX
5 XXXXXX
...

無事動いたのでここまで。

追記

以下のフォーラムによるとboost-1.60.0はanaconda経由なら入れられるらしい
https://github.com/TGAC/KAT/issues/124